Monitoring aquatische biodiversiteit met DNA barcoding veelbelovend

Maat: px

Weergave met pagina beginnen:

Download "Monitoring aquatische biodiversiteit met DNA barcoding veelbelovend"

Carla de Wilde
6 jaren geleden
Aantal bezoeken:

1 Monitoring aquatische biodiversiteit met DNA barcoding veelbelovend Waterkwaliteit op de kaart II Berry van der Hoorn, Naturalis Michiel Hootsmans, KRW Watercycle centre Roel Knoben, RHDHV 8 oktober 2015

2 edna en metabarcoding principe is al niet meer nieuw met stukje DNA kan een soort worden geïdentificeerd Gangbare toepassingen: zoeken naar specifieke soort zeldzame soorten moeilijk vangbare soorten vis, amfibiën, DAWACO Page 2

3 Principe: DNA Barcodes AATCGGACTTCGATTCGGAAC DNA 650bp 3,2 miljard Marker Barcode DAWACO Page 3

Larvale stadia problematisch Arbeidsintensief en kostbaar Niet

4 Bruikbaarheid voor biologische monitoring? Huidige praktijk waterschappen: Specialisten voor routinewerk Larvale stadia problematisch Arbeidsintensief en kostbaar Niet uniform, niet controleerbaar DNA technieken kunnen deze nadelen ondervangen DAWACO Page 4

5 2 TKI projecten ) Ontwikkeling van edna methodiek voor inventarisatie van aquatische biodiversiteit 2) edna Water Scan & Reference tool DAWACO Page 5

6 TKI1: Wat is nodig? Monstername protocollen: KWR, Koeman en Bijkerk Ontwikkeling extractie: KWR Betrouwbare DNA methodiek: BaseClear, Naturalis Bio-informatica: BaseClear Bibliotheek van barcodes en vouchers: Naturalis, EIS Macrofauna: ca 2500 soorten DAWACO Page 6

7 TKI1: Inventarisatie biodiversiteit 2 onderzoekssporen: watermonster: lage concentratie DNA sporen grootste besparing mogelijk op uitzoeken in veld organismenmonster (blender): hoge concentratie DNA besparing op determinatie in het laboratorium Pilot: macrofauna: kevers, wantsen, aarvederkruid DAWACO Page 7

8 BOLD: internationale database DAWACO Page 8

9 Is KRW beoordeling met edna mogelijk? Macrofauna maatlat: soortensamenstelling abundantie DAWACO Page 9

10 TKI1 KRW beoordeling Soort versus genus: M10, 800 monsters R5, n=2500 DAWACO Page 10 (Stefan Kasemier,2015)

11 TKI1 KRW beoordeling Presentie ipv abundantie: M10, 800 monsters R5, n=2500 DAWACO Page 11 (Stefan Kasemier,2015)

12 TKI2 Water Scan & Reference Tool edna als sleutel tot informatie voor waterkwaliteitsbeheer DAWACO Page 12

13 TKI2 Water Scan & Reference Tool aquatische biodiversiteit in beeld met edna, ondervangt afnemende kennis van soorten en determinaties gebruik autecologische informatie (traits) van soorten combineer beide informatiebronnen tot ecologische kenmerken en waarden voor sleutelfactoren -> diagnostische tool, aangrijpingspunt voor maatregelen DAWACO Page 13

14 TKI2 conceptueel ontwerp DNA Barcodes Ecological Biological Traits DNA ID Naam & Abundantie relevantie Ecologische Sleutel factoren DNA onderzoek Trait research Bioinformatics pipeline DAWACO Page 14

15 TKI2 koppeling aan ecologische sleutelfactoren Productiviteit water Verspreiding Lichtklimaat Verwijdering Productiviteit bodem Organische belasting Habitat geschiktheid Toxiteit Context DAWACO Page 15

16 TKI2 diagnose 2 ecologische sleutelfactoren Resultaat voor Locatie relatief ten opzichte van Referentie stroming saprobie DAWACO Page 16

17 TKI2 diagnose op basis meerdere groepen Resultaat voor Locatie relatief ten opzichte van Referentie Macrofauna Macrofyten Diatomeeën DAWACO Page 17

18 Voorlopige conclusies TKI1 barcoding van macrofauna gaat momenteel in hoog tempo edna-methode biedt veelbelovend perspectief voor KRW beoordeling nog onduidelijk of water of organismen monster nodig is wel nog toetsen aan intercalibratie guidance DAWACO Page 18

19 Voorlopige conclusies TKI2 Contouren van conceptueel ontwerp komen in beeld Aandachtspunten en vragen: Zijn voldoende autecologische data (in db) beschikbaar? Is de waarde van sleutelfactoren in referentie voldoende bekend? Zijn alle soortgroepen nodig? Zijn ecologische sleutelfactoren voldoende onderscheidend? Showcases uitwerken DAWACO Page 19

20 Dank voor uw aandacht DAWACO Page 20

Vergelijkbare documenten

Ecologische Indexen Macrofauna

Ecologische Indexen Macrofauna Een verkenning voor toepassing van genetische monitoring juni 2018 Berry van der Hoorn Tiedo van Kuijk Kevin Beentjes Vondellaan 55 KvK 411 695 15 Postbus 9517 expertcentrum@naturalis.nl