Dutch Collaborative Biobank. dr Frans A.L. van der Horst

Transcriptie

1 Dutch Collaborative Biobank dr Frans A.L. van der Horst

2 Diagnostisch Centrum SSDZ

3 Diagnostisch Centrum SSDZ

4 Diagnostisch Centrum SSDZ logistiek 1,6 miljoen containers per jaar 5 % bepalingen binnen 1 uur klaar

5 Diagnostisch Centrum SSDZ Processen 7000 buizen per weekdag bepalingen per weekdag 5,4 miljoen bepalingen per jaar Opslag buizen Waste? Biobanking?

6 Anno 2006: exploratie Reinier De Graaf Biobank doel: marktplaats biomedisch onderzoek EISEN: D oelmatig I ntelligent G oedkoop De Graaf Biobank Beschikbare infrastructuur Conclusie Anno 2006: Nog een berg werk te verzetten

7 Biobankieren Aanvliegroute: biomedisch onderzoek in gezondheidszorg = biobanking Multicenter Clinical trials Locaal toegepast wetenschappelijk onderzoek Landelijk epidemiologisch onderzoek Ofwel: Waar zijn die NMD buizen was dat CJC onderzoek nou drie jaar geleden? heeft NNN die buizen nou voor zijn D DDonderzoek?..en waar hebben we de """ gegevens opgeslagen.?.

8 Biobankieren Overzicht praktijkproblemen Voorbeelden Inrichten onderzoek Gegevens verzamelen Logistiek Opslag Klinisch onderzoek Wetenschap Beheer&borging Opzetten werkprocessen&organisatie Koppeling perifere applicaties Traceerbaarheid materiaal Kosten & Ruimte tekort Invoer patiënt gegevens, visit begeleiden Eenduidige taxonomie (naamgeving) SOP s, Status, Centrale regie

9 Biobankieren Hoger abstractie niveau Items Informatie - Identiteit - Vergaren First law of Biobanking: Dus - Plaats & Tijd - Rubriceren - Proces Alle - Combineren You cannot fill a biobank Biobanken without bestaan a proper uit: infrastructure - Status Items Informatie & Infrastructuur Second law of Biobanking: Infrastructuur Vergeet - Inrichten je een poot You cannot retrieve items from a biobank without a proper ontology ogy dan - Organisatie gaat je mank Ontologie = Benoemen - Beheer (taxonomie) + Binden (semantiek)

10 Biobankieren Waarom gaat het niet goet? Oorzaak Effect Voorbeeld Eenmalige activiteit Schaalgrootte Locaal interoperatibiliteit Gebrek aan expertise Hoge drempel Inefficiënt gebruik middelen Inefficiënt gebruik infrastructuur Handmatige processen Opzetten van werkproces Opslag van informatie Dure opslag monsters we maken locale protocollen we hebben een: Dossier,ZIS, LIS, EPD, RIS, HIS, Excel, dossier, kladje & Etc

11 Biobankieren Waarom gaat het niet goed? Oorzaak Effect Oplossing Eenmalige activiteit Schaalgrootte Locaal interoperatibiliteit Gebrek aan expertise Hoge drempel Inefficiënt gebruik middelen Inefficiënt gebruik infrastructuur Handmatige processen Gebruik generieke Toolboxes Consolideer diensten (ICT = BaaS = The Cloud ) Collaborative Concentreer opslag Biobanking Object Oriented architecture Open standaarden Ontologische Thesauri Conversietools Koppelvlakken

12 Collaborative Biobank Intermezzo: Collaborative Translational Modelling Traditioneel besluitvorming Hier word je als gebruiker niet wijzer van UML IDEF0 Professionals professionals De BaaS Modellerings interface Consultant Modelleren Ook niet ICT er handig Configureren (Biobank) software Object Oriented Architecture Semantic modelling CTM visualisering Hier ook niet van Semantische objectbank XML RDF OWL

13 Collaborative Biobank Intermezzo: Collaborative Translational Modelling besluitvorming Professionals De BaaS Modellerings interface CTM visualisering Collaborative Modelleren Translational Modelling UML IDEF0 Configureren (Biobank) software Object Oriented Architecture Semantic modelling Semantische objectbank XML RDF OWL

14 Intermezzo: CTM semantisch model Gebruiker Collaborative Biobank : scan plaats uit op deze met ETC Semantisch model

15 Dutch Collaborative Biobank Pijlers: Object Oriented Architecture Open standaarden HL-7, XML, etc Ontologische thesauri Snomed, ICS-10, LOINC, etc

16 Dutch Collaborative Biobank Participanten Dürrer Centrum ( GenerationR & ERGO BBMRI-nl 5 kennis centra Da Vinci Europe 3 MKB Gemeenschappelijk initiatief : Kennis Cluster Life Science Innovation Platform Flevoland

17 Dutch Collaborative Biobank Doelgroepen: Alle vormen van Biomedisch onderzoek, zoals: Locale niet gesponsorde studies multi-center studies Klinisch-farmaceutische trials Biobankieren Gebruikmakend van de zelfde modulaire infrastructuur

18 Dutch Collaborative Biobank Uitgangspunten Functionaliteit: Gemak (ready to use toolboxes, ICT onafhankelijkheid) Totaal pakket (modulaire opzet, proces ondersteuning) Toegankelijkheid (web based proces support) Interoperabiliteit (open standaarden, koppelvlakken, XaaS) Kosten effectief (Communities: XaaS, Schaalgrootte) Betrouwbaarheid: Back up systemen (vriezers, apparatuur, ICT) Open standaarden (interoperabiliteit) Veiligheid: Conform wet en regelgeving (WGBO, WMO, WBP, WZL) Databeveiliging

19 Dutch Collaborative Biobank Diensten: De Echte Wereld Werkproces ondersteuning Packaging&Logistics Sample Storage Freezer Hosting Marketplace De Digitale Wereld Trial Management Clinical Management Sample Management Research Lab & kliniek processen Studiepakketjes & logistiek Centrale & decentrale opslag Betere locale ruimtebeslag Zoeken & Aanbieden Studie organisatorisch (CRO) Studie medisch inhoudelijk (trial bureau) Proces ondersteuning + beheer (lab) Research toepassingen

20 Dutch Collaborative Biobank Clinical Management Module Study protocols Visits Forms Documents Monitoring Study supplies&stockage Sampling packages

21 Dutch Collaborative Biobank Trial Management Module Study design Forms Documents Protocols (visits&sampling) Packaging Logistics Study Monitoring Monitoring Study supplies&stockage Sampling packages Clinical Management Module Research Module Study protocols Datamining Visits Research Toolboxes Forms Sample Query Documents Sample Request Monitoring Sample Management Module Sample Storage Study protocols Sample Local processing storage capacity Sample (buffer, storage dynamic) Documents Sample logisics Monitoring Centralized Track&Tracing Storage (high volume, long term) Research Lab

22 Dutch Collaborative Biobank Biobanken DC B Humaan Veterinair Forensisch

23 Parelsnoer Initiatief Nu: 9 UMC biobanken (per ziektebeeld) Locale biobanken (parels) Eigen ICT Eigen infrastructuur Centrale infrastructuur XML berichten naar centrale research database Algemeen toegankelijk Single Format Pseudonimized ( BSN + geboortedatum)

24 Vergelijking PSI & DCB Parelsnoer Dutch Collaborative Biobank Primaire Doelgroep (UMC) Parels van ziektebeelden Multi user: Locaal < > multicenter, Parel Architectuur 9 losse ICT domeinen + PS Centrale infrastructuur (PCI) Een Centrale architectuur (Integration-aaS = The Cloud ) Procesondersteuning Geen onderdeel van PSI Integraal onderdeel DCB (IaaS) Samenwerking Workflow : geen onderdeel van PSI Research : via CI Workflow: ventures binnen XaaS Research: koppelvlak met PS CI Kosten 10 losse systemen (9 parels + 1 PCI) Centraal&Integraal ICT-concept (BaaS) Identificatie Single format (pseudonimised) Keuze: Anoniem < > herleidbaar Uitbreiding keuze uit 9 locale systemen locaal maatsnijden van XaaS Aansluiting Locaal : via locaal netwerk PCI : via Surfnet Locaal : Web based (Biobank-aaS) Centraal : Web based (Biobank-aaS) Research PCI + Parels Web based (Information-aaS)

25 Vergelijking PSI & DCB PSI en DCB zijn complementair: PSI = gespecialiseerde biobanken DCB = algemene biobanken DCB kan de locale infrastructuur leveren voor Parels DCB kan data leveren aan PSI Centrale infrastructuur: XML-format Parelsnoer pseudonimisering Tiende parel

26 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept Mirror opstelling Secured Web server Secured Data server UMC Utrecht idquest protocol system protocol system Internet cloud The Cloud DCB project eigenaar: Bepaalt vastlegging protocollen Bepaalt deelname Bepaalt rechten Datamanagement Deelnemers locatie: Bepaalt gebruikers Opslag RdGG Durrer Center Locale systemen optie locaal

27 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Configuratiescherm inrichten project

28 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Configuratiescherm storagetypes

29 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Projectoverzicht

30 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Individuele takenoverzicht

31 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Takenoverzicht per processtap

32 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Workflow support

33 Dutch Collaborative Biobank Proof of concept IDQuest Aansluiting rand apparatuur Disposables [ Label ] printers Scanners (handheld, single en multivial scanners) Laser graveer machine 33

34 Dutch Collaborative Biobank Meeneemboodschappen Infrastructuur biomedisch onderzoek Niet-gespecialiseerde instellingen (complementair) Vries capaciteit en beheer Workflow management Web based Open standaarden Interoperabiliteit / open standaarden Generiek concept Veterinair onderzoek Forensisch onderzoek Voedingsmiddelen industie

35 Dutch Collaborative Biobank Vragen? kan nu Interesse DCB? straks 35

36

37 BaaS DCB

38 Dutch Collaborative Biobank Functionaliteit Trial Management Clinical Module (potentiële) Betrokkenen MKB partner MKB partner Sample workflow Storage Research Workflow modelling