Vragen over het Erwina-onderzoek

Transcriptie

1 Klik op een vraag hieronder om naar het antwoord te gaan. 1. Wat is het doel van het onderzoek in stammen, klasse S? Wie betaalt dit onderzoek in stammen? Op welke bacteriën wordt getoetst? Welke methodiek wordt voor het onderzoek gebruikt? Hoe goed is de PCR-methode voor Erwinia uitgetest? Welke partijen worden standaard op Erwinia onderzocht? Heeft het onderzoek in stammen consequenties voor de klasse van de partij? Kan ik ook een partij van een andere klasse, SE t/m C, laten toetsen op Erwinia? Kan ik ook voor Erwinia-onderzoek een vergroot monster aanvragen? Wie krijgt de uitslag en wanneer is deze beschikbaar? Hoe moet ik de uitslag interpreteren? Is de combitoets van 4 x 50 knollen net zo betrouwbaar als een onderzoek op basis van bijvoorbeeld 10 reacties 10 x 20 knollen? Is een negatieve toet uitslag een garantie dat er in het volgende seizoen geen planten met Erwinia-symptomen in het perceel staan Ik heb een positieve uitslag. Is het zeker dat er volgend seizoen zieke planten in mijn perceel staan? Zijn de Erwinia soorten even gevaarlijk? Wat gebeurt er als er in het laboratorium iets verkeerd gaat met het Erwinia-onderzoek? Wat is de invloed van het tijdstip van bemonsteren? Hebben omstandigheden tijdens opslag van de monsters zoals condensvorming invloed op de uitslag?... 5 Oktober 2015 Pagina 1 van 5

2 1. Wat is het doel van het onderzoek in stammen, klasse S? De NAK gebruikt deze gegevens voor invulling van de risicogerichte keuring. Het oorspronkelijke doel was om een beeld te krijgen van de omvang van de latente Erwinia-besmettingen in stammen. Na drie jaar onderzoek blijkt dat de resultaten een waardevol instrument zijn bij de selectie van stammen. 2. Wie betaalt dit onderzoek in stammen? Er worden in 2015 geen kosten in rekening gebracht voor de toets op stammen. 3. Op welke bacteriën wordt getoetst? Er wordt getoetst op de Dickeya-soorten Pectobacterium atrosepticum, Pectobacterium wasabiae en Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense. In de uitslag aangeduid als Ds/Ddi, Pa, Pw en Pcb. Deze bacteriesoorten zijn verantwoordelijk voor de symptomen zwartbenigheid en stengelnatrot. 4. Welke methodiek wordt voor het onderzoek gebruikt? De speciaal voor Erwinia ontwikkelde PCR-toets, in de zogenaamde combivariant. Het Erwinia onderzoek wordt hierbij uitgevoerd aan hetzelfde monster als het bruin-, ringrot, en virus- onderzoek. Dit is een belangrijke ontwikkeling bij het terugdringen van de kosten. 5. Hoe goed is de PCR-methode voor Erwinia uitgetest? De PCR-toets is gevalideerd wat betekent dat deze uitgebreid is uitgetest zowel in het laboratorium als in veldproeven. Belangrijk in een PCR-toets zijn de primers en probes. Dit zijn kleine stukjes DNA, die complementair zijn aan een karakteristiek (specifiek) DNA-fragment van de bacterie die we willen aantonen, de doelbacterie. In dit geval de Dickeya- en Pectobacterium-soorten die zwartbenigheid en stengelnatrot bij aardappel veroorzaken. Met de primers en probes kunnen we specifieke stukjes DNA van de doelbacterie vermenigvuldigen, tot een niveau waarop ze aantoonbaar zijn. Deze primers en probes zijn uitgebreid getest op hun specificiteit. Daarbij zijn ze, als onderdeel van het validatietraject, uitgetest op grote aantallen van de doelbacterie(n) en op grote aantallen andere bacteriën. 6. Welke partijen worden standaard op Erwinia onderzocht? Alle gekeurde stammen die worden bemonsterd voor de reguliere buin- en ringot toets. 7. Heeft het onderzoek in stammen consequenties voor de klasse van de partij? Nee, het onderzoek heeft geen consequenties voor de klasse van de partij. 8. Kan ik ook een partij van een andere klasse, SE t/m C, laten toetsen op Erwinia? Ja, dat kan als er ook een officiële virus-toets aan de partij wordt uitgevoerd. Dit kan alleen als het vooraf wordt aangevraagd via het NAK-Loket bij de applicatie Veldkeuring en monsteronderzoek. De kosten bedragen 75 per monster van 200 knollen. Voor percelen die niet in de officiële virus-toets, de zogenaamde combitoets zitten, kunt u zelf een monster nemen en laten toetsen. De keurmeester heeft hiervoor monsterlabels beschikbaar. De kosten hiervoor zijn 150 per monster van 200 knollen. Oktober 2015 Pagina 2 van 5

3 9. Kan ik ook voor Erwinia-onderzoek een vergroot monster aanvragen? Ja dit kan aangevraagd worden via het NAK-Loket bij Veldkeuring en monsteronderzoek op voorwaarde dat het monster ook verplicht op virus wordt onderzocht. Klasse S Het Erwinia-onderzoek vindt standaard plaats op het basismonster 200 knollen per 6 ha. Voor het vrijwillige deel van een vergroot virusmonster kunt u aanvullend Erwinia-onderzoek aanvragen op het NAK-Loket. Klassen SE t/m C Erwinia-onderzoek op een vergroot monster is alleen mogelijk in combinatie met een vergroot virusmonster. Het Erwinia-onderzoek wordt dan uitgevoerd op het gehele virusmonster. 10. Wie krijgt de uitslag en wanneer is deze beschikbaar? Telers en gemachtigden zien de uitslagen op het NAK-Loket in de applicatie Veldkeuring en Monsteronderzoek. De uitslagen zijn binnen 4 a 5 weken bekend. Bij spoedmonsters is dit 3 weken. De onderzoeken worden uitgevoerd op volgorde van ontvangst van de monsters. 11. Hoe moet ik de uitslag interpreteren? De representativiteit van de onderzoekuitslag is afhankelijk van de monstergrootte (200 knollen), van de verdeling van de besmette knollen binnen de partij en van de monstername. De uitslag kent 5 varianten, namelijk 0, 1, 2, 3 of 4 positieve reacties, dit op basis van 50 knollen per reactie, dus 4 eenheden per monster van 200 knollen. Het aantal positieve reacties is in de uitslag al omgezet in een 'meest waarschijnlijke percentage ziek' in het monster. Omdat we knollen samenvoegen, kunnen we het percentage niet exact vaststellen. Dat percentage ziek in het monster ligt in een statistisch berekend interval, met een onder- en een bovengrens. Het werkelijke percentage besmetting in de partij ligt met 95% zekerheid binnen dit interval. We noemen dat het betrouwbaarheidsinterval. Onderstaande tabel laat de mogelijke uitslagen zien. Voorbeeld 1: monster met 0 reacties positief. Het meest waarschijnlijke percentage ziek is 0, met een betrouwbaarheidsinterval van 0-1,83%. Dit betekent dat het werkelijke percentage ziek in de partij, met 95% zekerheid, tussen 0 en 1,83% ligt. Een uitslag 0 op basis van 200 knollen, betekent dus geen garantie op 0, maar wel een grote kans op een laag besmettingspercentage. Voorbeeld 2: monster met 2 reacties positief. Het meest waarschijnlijke percentage ziek is 1,38%, met een interval van 0,14 5,25%. Hier is sprake van een partij met een duidelijk risico. Afhankelijk van de omstandigheden is er een aanzienlijke kans op symptomen in het veld. Oktober 2015 Pagina 3 van 5

4 Voorbeeld 3: monster met alle 4 reacties positief. In de uitslag staat in dit geval 100 in de kolom percentage ziek. Het werkelijke percentage ziek ligt in dit geval (met 95% zekerheid) ergens tussen 1 en 100%. Omdat alle submonsters van 50 knollen een positieve reactie geven, is het interval waarbinnen het werkelijke besmettingsniveau zal liggen zo groot, dat er geen indicatie van een meest waarschijnlijk percentage ziek te geven valt. In de uitslag kan 100 ook gelezen worden als niet nauwkeurig vast te stellen, maar waarschijnlijke 3% of hoger. 12. Is de combitoets van 4 x 50 knollen net zo betrouwbaar als een onderzoek op basis van bijvoorbeeld 10 reacties 10 x 20 knollen? Ja, één besmette knol in een monster van 200 knollen wordt in beide varianten aangetoond. Het verschil is dat er bij samenvoeging van meer knollen per reactie het meest waarschijnlijke besmettingspercentage minder nauwkeurig kan worden bepaald. De spreiding rond het meest waarschijnlijke percentage ziek neemt toe bij een groter aantal knollen per reactie. 13. Is een negatieve toets uitslag een garantie dat er in het volgende seizoen geen planten met Erwinia-symptomen in het perceel staan? Nee, daarvoor is de monstergrootte uiteindelijk te klein. Bij een monstergrootte van 200 knollen is de kans dat we een Erwinia-besmetting van 1% zieke knollen in de partij aantonen 86%. Zie ook de toelichting onder punt 10. Met de toets wordt onderscheid gemaakt tussen goede, minder goede en erg slechte partijen. Wanneer je de garantie wilt hebben dat er het volgende seizoen geen enkele zieke plant in het perceel staat, zou je alle knollen van de partij moeten toetsen. Dat is niet haalbaar. 14. Ik heb een positieve uitslag. Is het zeker dat er volgend seizoen zieke planten in mijn perceel staan? Een positieve laboratoriumuitslag wijst altijd op een besmette partij. Anders dan bij aardappelvirussen is symptoomontwikkeling bij bacterieziekten sterk afhankelijk van de omstandigheden vooral temperatuur en vochtvoorziening tijdens het groeiseizoen. Ook als het aantal zieke planten in het volgende seizoen toch meevalt, weten we dat een deel van de moederknollen besmet was en dat er ook in de rug via regenwater of bij de oogst nieuwe dochterknollen besmet zullen raken. Bij gunstige omstandigheden voor bacteriën wordt deze besmetting waarschijnlijk op enig moment in het veld zichtbaar. 15. Zijn de Erwinia soorten even gevaarlijk? Op basis van ervaringen van telers en handel wordt er een hoger risico toegekend aan Ds en Pa dan aan Pw. De NAK toonde in veldproeven aan dat de nieuwste soort Pcb minstens zo ziekteverwekkend is als de andere soorten. Pcb bleek in ongeveer 70% van de planten met symptomen de boosdoener. De Dickeya en Pectobacterium soorten waarop de NAK toetst, kunnen symptomen veroorzaken in de plant. 16. Wat gebeurt er als er in het laboratorium iets verkeerd gaat met het Erwinia-onderzoek? Er wordt contact opgenomen met de teler, die bepaalt of er een nieuw monster wordt genomen of dat we het onderzoek laten vervallen. Oktober 2015 Pagina 4 van 5

5 17. Wat is de invloed van het tijdstip van bemonsteren? Een besmetting die via versmering tijdens oogst en bewerking ontstaat, zit binnen 10 minuten via de lenticellen of beschadigingen in de knol, volgens de conclusie van het Deltaplan Erwinia. Een besmetting die eenmaal in de knol zit, is niet meer op te ruimen met een ontsmetting of door drogen. Het ideale bemonsteringstijdstip zou vlak voor poten zijn, want dan zouden de effecten van bewaaromstandigheden en van bewerking van partijen zoals versmering en afkiemen ook zichtbaar worden. Dat is helaas logistiek niet mogelijk. 18. Hebben omstandigheden tijdens opslag van de monsters zoals condensvorming invloed op de uitslag? Er zijn geen aanwijzingen dat in de korte periode tussen bemonstering en toetsing bacteriën zich zodanig vermeerderen dat dit de toets uitslag beïnvloedt. Wel is het belangrijk dat er geen rotte knollen in het monster zitten, en dat monstername uit natte partijen zoveel mogelijk wordt vermeden. Het risico op versmering tussen monsters is nihil. De bemonstering vindt plaats volgens het NVWA bemonsteringsvoorschrift voor de toets op bruin- en ringrot. Het gebruik van fytosanitair veilige polypropzakken is hiervan een onderdeel. Overige vragen kunt u stellen via nak@nak.nl Oktober 2015 Pagina 5 van 5