4 PhD-posities binnen de gecoördineerde actie GA-GENOMICS: GA-GENOMICS: Diepduiken in de genomische diversiteit van (meta)populaties

Transcriptie

1 Het Instituut voor Landbouw- en Visserijonderzoek (ILVO) behoort als wetenschappelijke instelling tot het beleidsdomein Landbouw en Visserij van de Vlaamse Overheid. Het ILVO is een multidisciplinaire instelling met focus op de ondersteuning van een duurzame land- en tuinbouw en plattelandsontwikkeling. Het ILVO heeft ter beschikking: 4 PhD-posities binnen de gecoördineerde actie GA-GENOMICS: GA-GENOMICS: Diepduiken in de genomische diversiteit van (meta)populaties Het GA-GENOMICS project is een initiatief waarbij een team van onderzoekers een gemeenschappelijk Genomics Platform opricht om het genomics onderzoek van de ILVO-eenheden Plant, Dier en Technologie en Voeding te bundelen. Binnen dit project worden vier nieuwe PhD projecten gestart. ILVO s onderzoeksfocus ligt op het raakvlak tussen fundamenteel en toegepast onderzoek. Deze GA-GENOMICS is bij uitstek multidisciplinair onderzoek dat leidt tot kruisbestuivingen tussen verschillende wetenschappelijke vakgebieden van ILVO. Het GA-GENOMICS team wordt gevormd door 20 onderzoekers van de verschillende ILVO-eenheden en vier academische promotoren van UGent en KULeuven. De vier PhD studenten zullen aan de hand van specifieke studies telkens een brug slaan tussen het onderzoek van de ILVO-eenheden (Plant, Dier en Technologie en Voeding). GA-GENOMICS is ingebed in lopende onderzoeksprojecten, waardoor de PhD studenten de mogelijkheid hebben tot samenwerking binnen een internationaal kader. De PhD studenten worden ook actief betrokken bij interne opleidingen voor en door collega s en worden gestimuleerd om deel te nemen aan workshops, congressen en werkbezoeken aan (inter)nationale onderzoeksinstituten. Door de geïntegreerde structuur levert elk PhD topic een bijdrage aan de opbouw van het Genomics Platform. Hierbij speelt intensief onderling overleg en de uitwisseling van hulpbronnen, expertise, ervaringen en gegevens een belangrijke rol. Het GA-GENOMICS onderzoek richt zich op de biologische eigenschappen van planten, dieren en microbiële populaties in interactie met hun omgeving. In de landbouw en visserij is onderzoek naar de eigenschappen en dynamiek van populaties belangrijk voor de ontwikkeling van duurzame productiesystemen. Denk bijvoorbeeld aan plantenveredeling, inperking van invasieve soorten, gemeenschappen van micro-organismen die voor gezondere planten zorgen of voor dieren met een lagere ecologische voetafdruk, of microbiële biodegradatie van microplastics. Het implementeren van een Genomics Platform op ILVO sluit aan bij de wereldwijde revolutie in het genomisch onderzoek door de introductie van next generation sequencing (NGS) technologieën. Deze technologieën maken het mogelijk om dergelijke populaties genetisch te karakteriseren met ongeëvenaarde resolutie, snelheid en compleetheid. Kennis van de samenstelling van de populatie, de genetische diversiteit en de aanwezige genfuncties leidt tot beter inzicht in de biologische eigenschappen en de dynamische veranderingen in respons tot omgevingsfactoren. Daarmee kunnen selectie- of beheersmaatregelen ontwikkeld worden om de populatiesamenstelling te sturen en te optimaliseren.

2 Het GA-GENOMICS Platform dat binnen dit project opgebouwd zal worden bestaat uit een Experimentele Toolbox en een Bio-informatica Platform: De Experimentele Toolbox bundelt kennis en geoptimaliseerde protocollen voor NGS op populatieschaal. Dit omvat bijvoorbeeld generieke methoden voor staalvoorbereiding, DNA-bibliotheek preparatie en NGS en houdt vier basisapplicaties voor ogen: genotyping-by-sequencing, targetted resequencing, 16S metagenomics en whole genome shotgun metagenomics. Deze tools maken het mogelijk om dynamische veranderingen in de samenstelling, de functionaliteit en de biologische eigenschappen van populaties en microbiële metapopulaties te bestuderen. Het Bio-informatica Platform bestaat uit beschikbare en nieuw te ontwikkelen bio-informatica methodologieën en software voor de analyse, interpretatie en visualisatie van genomen en genetische diversiteitsdata van populaties en van microbiële metapopulaties. Dit omvat bijvoorbeeld software met grafische interface, online data-analyse applicaties en in-huis ontwikkelde scripts, procedures en workflows. Voor de interpretatie van genfuncties en genetische diversiteit maken we gebruik van computationele methoden, relationele databanken en publiek beschikbare sequentie-data. Voor de vier PhD projecten van GA-GENOMICS werden zes relevante ILVO-studies geselecteerd. Ze onderzoeken telkens de relatie tussen de genomische samenstelling en de biologische eigenschappen van (meta)populaties. PhD 1 ontwikkelt computationele methoden voor de functionele interpretatie en visualisatie van populatieschaal NGS data. De data en data-analyse methoden worden uitgewisseld met de drie andere PhD studenten. PhD 2 bestudeert de drijvende factoren die aan de basis liggen van het adaptieve vermogen van Engels raaigras en ribkwalpopulaties. PhD 3 focust op de invloed van microbiële populaties in de rhizosfeer op plantengezondheid en bij de afbraak van microplastics in zeewater. PhD 4 onderzoekt gastro-intestinale microbiële gemeenschappen en focust op het effect van voederadditieven op methaanproductie bij runderen en antibioticaresistentie ontwikkeling bij varkens.

3 PhD-positie 1: Computationele tools voor functionele interpretatie van NGS (meta)genomics data Situering in ILVO Naam Eenheden: Plant Plant Onderzoeksdomeinen: Groei en Ontwikkeling Gewasbescherming Wetenschappelijk Directeurs: Isabel Roldán-Ruiz Martine Maes Promotor ILVO/Contactpersoon: Tom Ruttink Adres: Caritasstraat 21 B-9090 Melle tel: +32(0) De algemene doelstelling van dit PhD onderzoek is de implementatie van een bio-informatica platform en het ontwikkelen van nieuwe computationele methoden en workflows voor de analyse van metagenomics data van microbiële gemeenschappen en genetische diversiteitsdata van planten- en dierenpopulaties. Voor de biologische interpretatie van populatie genomics data is het belangrijk dat verschillende types next generation sequencing (NGS) data geïntegreerd worden binnen één systeem per species. Moleculaire merkers kunnen een genoomregio aanduiden die betrokken is bij selectie of adaptatie. Daarnaast worden comparatieve methoden gebruikt voor de functionele annotatie van genen en genfamilies in niet-model organismen. Annotatie van de genen in die regio kan leiden tot de identificatie van kandidaatgenen of moleculaire pathways. Daarnaast kan het resequeneren van kandidaat loci in volledige populaties gebruikt worden om een groot aantal allelen van een gen te identificeren en kan via computationele methoden voorspeld worden welke polymorfismen een effect op de moleculaire functie of activiteit van het gen hebben. Het ontwikkelde platform wordt gebruikt om met complexe en grootschalige NGS datasets specifieke biologische vragen te beantwoorden: Welke genetische diversiteit is aanwezig in een bepaalde populatie? Welke species of moleculaire functies zijn aanwezig in een microbiële gemeenschap? Wat is er gekend van de moleculaire/fysiologische functie van een ortholoog in een gerelateerd organisme? Welk deel van de genetische diversiteit is relevant voor selectie of voor adaptatie? De activiteiten zijn nauw verweven met het experimenteel werk van PhD 2, 3 en 4. Specifieke doelstellingen Het ontwikkelen van workflows voor analyse van short-read data (kwaliteitscontrole en read mapping) voor genotyping-by-sequencing, targetted resequencing en 16S metagenomics Implementatie van een workbench voor de geïntegreerde analyse en visualisatie van biologische data, zoals de relaties tussen genomische regio s, genen, genfamilies, moleculaire functies, pathways, allelische diversiteit, fenotypes en biologische processen. Karakterisering van functionele groepen en moleculaire pathways in microbiële gemeenschappen via whole genome shotgun metagenomics.

4 Ons aanbod De Genomics Cel van de eenheid Plant is opgericht om experimentele methodes en bio-informatica analyses rond genomics te integreren in het lopend onderzoek van de onderzoeksgroepen Groei en Ontwikkeling, Gewasbescherming en Toegepaste Genetica en Veredeling. De onderzoeksgroep Groei en Ontwikkeling binnen de Eenheid Plant, gelokaliseerd in Melle, is een multidisciplinaire onderzoeksgroep met een mix van een 12-tal jonge en senior onderzoekers. We voeren strategisch basisonderzoek naar de werking van plantengenomen en hun interactie met omgevingsfactoren. Hiervoor maken wij gebruik van geavanceerde technologieën inzake plantenfysiologie, biochemie, beeldanalyse, genetica en genomics. De gegenereerde kennis wordt vertaald naar innoverende teeltmethoden en veredelingstoepassingen. De dienst Gewasbescherming voert onderzoek over bacteriën, schimmels, virussen, nematoden, insecten en mijten die planten kunnen aantasten of in associatie met de planten leven. Wij ontwikkelen DNA-gebaseerde detectie-, merker- en profileringstechnologie om deze organismen en hun gemeenschappen op te sporen en in kaart te brengen. We onderzoeken strategieën voor geïntegreerde beheersing van de ziekten en plagen. De bodem en de biologische omgeving van de plant heeft een belangrijke invloed op de ziekteweerbaarheid van de planten. De dienst is sterk actief in Europese netwerken en is Nationaal Referentie Laboratorium voor Plantengezondheid. Je zal terechtkomen in een dynamische werkomgeving met aantrekkelijke arbeidsvoorwaarden. Als deel van het Genomics team zal je bepaalde verantwoordelijkheden krijgen en wordt er verwacht dat je een bijdrage zal leveren aan algemene taken binnen het project. Je profiel Je hebt een universitair diploma (Master) in de (bio)wetenschappen, bio-ingenieurswetenschappen, informatica of gelijkwaardig en een sterke interesse in bio-informatica, -omics data integratie, tool development en comparatieve genomics.

5 PhD-positie 2: Identificatie van adaptatiedrivers in populaties van eukaryoten m.b.v. genomic tools: selectie in raaigras en adaptatie van ribkwal Situering in ILVO Naam Eenheden: Plant Dier Onderzoeksdomeinen: Groei en Ontwikkeling Aquatisch Milieu en Kwaliteit Wetenschappelijk Directeurs: Isabel Roldán-Ruiz Kris Cooreman Promotors ILVO/Contactpersonen: Isabel Roldán-Ruiz Johan Robbens Adres: Caritasstraat 21 Ankerstraat 1 B-9090 Melle B-9400 Oostende isabel.roldan-ruiz@ilvo.vlaanderen.be johan.robbens@ilvo.vlaanderen.be tel: +32(0) (0) De onderzoeksfocus in PhD 2 ligt op de ontwikkeling en implementatie van NGS technologieën voor de screening van eukaryote populaties: enerzijds populaties onder selectiedruk (raaigras) en anderzijds populaties aangepast aan specifieke omgevingsfactoren (ribkwal). Via een genoomwijde benadering wordt er gezocht naar genomische regio s die belangrijk zijn voor selectie of adaptatie. Bij Engels raaigras (Lolium perenne), een belangrijk voedergewas, worden populaties onderzocht die onder selectiedruk staan. Het doel is om genen te identificeren die gekoppeld zijn met opbrengst en kwaliteitseigenschappen, en finaal selectie/veredeling strategieën te optimaliseren. Hierin onderzoeken we de mogelijkheid om het grasland agro-ecosysteem als selectieomgeving te gebruiken om beter geadapteerde genotypes te identificeren. Rassen van Engels raaigras zijn immers zeer diverse populaties. Eens zij op het veld uitgezaaid worden, vinden genetische verschuivingen over de tijd plaats ten gevolge van de overleving van een subset van genotypes. In dit doctoraat willen we de genomische samenstelling van het oorspronkelijke ras en van de subpopulatie die overblijft na selectie vergelijken om zo genoomregio s te identificeren die aan de basis liggen van adaptatie aan de toegepaste uitbatingcondities. Het gebruik van NGS technologieën laat toe om dit met een zeer hoge genomische resolutie te doen. Verdere in silico functionele annotatie van de genen gelokaliseerd in deze genoomregio s kan hypotheses opleveren over de eigenschappen die relevant zijn voor een goede overlevingskans onder de getoetste omstandigheden. In een volgende fase dienen deze hypotheses getest te worden. Meer specifiek kan met NGS methoden zoals targetted resequencing, de allelische diversiteit in deze genen bestudeerd worden om trait-allel associaties te identificeren en hypotheses te valideren. Voor de Amerikaanse Langlob ribkwal (Mnemiopsis leidyi) bestuderen wij de biologie van populaties uit de Noordzee en identificeren wij de factoren die de verspreiding van de soort beïnvloeden, om doeltreffende beheersmaatregelen te ontwikkelen. De ribkwal is een omnivoor en vormt daarom een bedreiging voor onze visgronden. Bovendien heeft de kwal een impact op toerisme en industrie. Het is onduidelijk of de aanwezigheid in de Noordzee het gevolg is van herintroducties via ballastwater, via migratie vanuit andere zeeën of dat M. leidyi toch kan overleven in deze regio. De (gen)adaptaties die populaties in staat stellen te gedijen onder bepaalde omgevingscondities zijn momenteel niet gekend. Kennis hieromtrent is echter van groot belang, vooral voor het goed beheer.

6 Onder meer temperatuur en saliniteit zijn limiterende factoren voor hun verspreiding - cfr. bedreiging bij opwarming van het klimaat. Met behulp van NGS technieken zullen wij de tempo-spatiale structuur van deze populaties in kaart brengen: wanneer komt de ribkwal voor en waar? Dit zal ons toelaten om de dynamiek van deze populaties beter te begrijpen. Bovendien zullen deze populaties gekenmerkt worden door een adaptatie aan bepaalde omgevingsfactoren, en deze adaptaties kunnen via een genoom-wijde NGS aanpak worden geassocieerd met specifieke verschillen op bepaalde genetische loci tussen populaties. De volgende activiteiten kaderen binnen dit onderzoeksproject: Genoomwijde screening van raaigras- en ribkwalpopulaties om genoomregio s betrokken in adaptatie/selectie te identificeren. Hiervoor worden geschikte protocollen voor genotyping-by-sequencing voor beide soorten ontwikkeld. In silico functionele annotatie van genen waarvoor signalen van adaptatie/selectie gevonden worden om pathways onderliggend aan de adaptatie/selectie in ribkwal/raaigras te identificeren en werkhypotheses over adaptatie/selectie mechanismen te formuleren. Hiervoor wordt nauw samengewerkt met PhD1. Validatie van de werkhypotheses geformuleerd onder 2, aan de hand van NGS technologieën zoals targetted resequencing. Ons aanbod Deze PhD is een samenwerking tussen de eenheid Plant en de eenheid Dier van het ILVO. De onderzoeksgroep Groei en Ontwikkeling binnen de Eenheid Plant, gelokaliseerd in Melle, is een multidisciplinaire onderzoeksgroep met een mix van een 12-tal jonge en senior onderzoekers. We voeren strategisch basisonderzoek naar de werking van plantengenomen en hun interactie met omgevingsfactoren. Hiervoor maken wij gebruik van geavanceerde technologieën inzake plantenfysiologie, biochemie, beeldanalyse, genetica en genomics. De gegenereerde kennis wordt vertaald naar innoverende teeltmethoden en veredelingstoepassingen. De Sectie Chemische Monitoring en Producttechnologie Eenheid Dier Aquatisch Milieu en Kwaliteit onderzoekt de impact van antropogene effecten op het mariene ecosysteem. Dit vereist een multidisciplinaire aanpak, met zowel chemische, biochemische, toxicologische en genetische analyses. Daarom is de groep samengesteld uit een mix van een 18-tal onderzoekers met een verschillende achtergrond. Deze complementaire aanpak leidt dan tot een risico-analyse (o.a. chemische contaminanten, invasieve soorten). Binnen de groep gebeuren voornamelijk labo-analyses, doch campagnes op zee voor staalname zijn hier ook een belangrijk aspect van. Je zal terechtkomen in een dynamische werkomgeving met aantrekkelijke arbeidsvoorwaarden. Als deel van het Genomics team zal je bepaalde verantwoordelijkheden krijgen en wordt er verwacht dat je een bijdrage zal leveren aan algemene taken binnen het project. Je profiel Je hebt een Master diploma in de (bio)wetenschappen, bio-ingenieurswetenschappen of een gelijkwaardig relevant Masterdiploma en een sterke interesse in populatiegenetica, databeheer en -analyse, bio-informatica en genomics.

7 PhD-positie 3: Metagenomics in bodem (rhizosfeer) en water (microplastics) in functie van plantengezondheid en biodegradatie Situering in ILVO Naam Eenheden: Plant Dier Onderzoeksdomeinen: Gewasbescherming Aquatisch Milieu en Kwaliteit Wetenschappelijk Directeurs: Martine Maes Kris Cooreman Promotors ILVO/Contactpersonen: Martine Maes Johan Robbens Adres: B. Van Gansberghelaan 96 Ankerstraat 1 B-9090 Melle B-9400 Oostende martine.maes@ilvo.vlaanderen.be johan.robbens@ilvo.vlaanderen.be tel: +32(0) (0) Onderzoeksvragen en -materialen komen uit twee verschillende domeinen: 1. Plantengezondheid Vragen: Wat is het effect van bodembehandelingen op de samenstelling van het microbioom in de wortelsfeer (rhizosfeer) van planten? Welke microbiële genen of pathways zijn betrokken bij plantengezondheid? Kunnen we via manipulatie van de bodem het microbioom en de plantengezondheid verbeteren? De rhizosfeer wordt gedefinieerd als de nauwe zone rond de plantwortels. De rhizosfeer kan tot microbiële cellen bevatten per gram wortels en het genoom van het rhizosfeer-microbioom is daarmee veel groter en complexer dan dat van de plant zelf (het wordt het tweede genoom van de plant genoemd). De samenstelling van het rhizosfeer-microbioom speelt een cruciale rol in plantengezondheid en wordt gestuurd door de wortelexudaten en de bodemsamenstelling. Het gebruik van NGS technologie voor het bestuderen van de rhizosfeer-microbiologie in relatie tot plantengezondheid is in volle ontwikkeling. Er zijn aanwijzingen dat de relatieve abundantie van bepaalde bacteriële groepen (en niet de aanwezigheid van één of meerdere groepen) gecorreleerd is met plantengezondheid. 2. Sanering van de zee Vragen: Varieert het microbioom aanwezig op microplastics die de zee pollueren? Zijn er bepaalde bacteriën of bacteriële gemeenschappen die deze plastics kunnen degraderen? Wat zijn de afbraakpathways? Hoe kunnen we de biodegradatie bevorderen? De massale hoeveelheid plastic afval op zee is een gekend, doch voornamelijk visueel storend probleem. Echter plastic afval, en met name de fragmentatieproducten, de zogenaamde microplastics (ook aanwezig in textiel en cosmetica) hebben een belangrijke impact op het marien ecosysteem. Microplastics accumuleren onder meer (apolaire) toxische contaminanten, met risico op transfer in de voedselketen. De microplastics kunnen worden beschouwd als een nieuwe niche, die potentieel kunnen worden gekoloniseerd door een diversiteit van microorganismen. Hierbij ook bacteriën die in staat zijn deze plastics als voedingsbron te gebruiken en als dusdanig degradatie te realiseren.

8 Mariene micro-organismen zijn zeer abundant aanwezig in zeeën en oceanen, en vertegenwoordigen een immense genetische diversiteit. Tot op heden is de kennis hieromtrent eerder beperkt, onder meer omwille van de moeilijkheid voor het opgroeien van het merendeel van de mariene bacteriën. Het gebruik van NGS zorgt voor een belangrijke doorbraak, het is een cultivatie-onafhankelijke benadering, en zal ervoor zorgen dat de mariene genenpool verder wordt geëxploreerd, onder meer voor plastic biodegradatie, en naar de toekomst nog voor een groot aantal andere applicaties. Methodes: 16S rdna & whole genome shotgun metagenomics Ons aanbod De dienst Gewasbescherming voert onderzoek over bacteriën, schimmels, virussen, nematoden, insecten en mijten die planten kunnen aantasten of in associatie met de planten leven. Wij ontwikkelen DNA-gebaseerde detectie-, merker- en profileringstechnologie om deze organismen en hun gemeenschappen op te sporen en in kaart te brengen. We onderzoeken strategieën voor geïntegreerde beheersing van de ziekten en plagen. De bodem en de biologische omgeving van de plant heeft een belangrijke invloed op de ziekteweerbaarheid van de planten. De dienst is sterk actief in Europese netwerken en is Nationaal Referentie Laboratorium voor Plantengezondheid. De Sectie Chemische Monitoring en Producttechnologie Eenheid Dier Aquatisch Milieu en Kwaliteit onderzoekt de impact van antropogene effecten op het mariene ecosysteem. Dit vereist een multidisciplinaire aanpak, met zowel chemische, biochemische, toxicologische en genetische analyses. Daarom is de groep samengesteld uit een mix van een 18-tal onderzoekers met een verschillende achtergrond. Deze complementaire aanpak leidt dan tot een risico-analyse (o.a. chemische contaminanten, invasieve soorten). Binnen de groep gebeuren voornamelijk labo-analyses, doch campagnes op zee voor staalname zijn hier ook een belangrijk aspect van. Je zal terechtkomen in een dynamische werkomgeving met aantrekkelijke arbeidsvoorwaarden. Als deel van het Genomics team zal je bepaalde verantwoordelijkheden krijgen en wordt er verwacht dat je een bijdrage zal leveren aan algemene taken binnen het project. Je profiel U heeft een universitair diploma (Master) in de (bio)wetenschappen, bio-ingenieurswetenschappen of gelijkwaardig en een sterke interesse in bio-informatica, genomics en zijn toepassingen.

9 PhD-positie 4: Onderzoek van gastro-intestinale gemeenschappen van nutsdieren met behulp van metagenomics Situering in ILVO Naam Eenheden: Dier Technologie & Voeding Onderzoeksdomeinen: Veehouderij Voedselveiligheid Wetenschappelijk Directeurs: Sam De Campeneere Marc Heyndrickx Promotors ILVO/Contactpersonen: Sam De Campeneere Els Van Coillie Adres: Scheldeweg 68 Brusselsesteenweg 370 B-9090 Melle B-9090 Melle tel: +32(0) (0) De algemene doelstelling van dit PhD onderzoek is om taxonomische groepen in gastro-intestinale microbiële gemeenschappen van nutsdieren te identificeren, microbiële taxonomische verschuivingen in kaart te brengen en associaties te leggen met fysiologische of fenotypische waarnemingen. Dit zal gebeuren via NGS technologie die zal gebenchmarkt worden t.o.v. klassieke (microbiologische cultivatie) of gerichte moleculaire analyse. De bedoeling is om een link te leggen tussen de gevonden microbiële associaties en specifieke functionaliteiten of eigenschappen. Er zal gefocust worden op gastro-intestinale gemeenschappen bij twee diersoorten, nl. de rumen microbiële gemeenschappen bij melkkoeien en de darm microbiële gemeenschappen bij varkens. De verandering van deze microbiële gemeenschappen in functie van rantsoensamenstelling, voederadditieven of antimicrobiële middelen zal worden bestudeerd. Specifieke doelstellingen Implementeren van generieke protocollen voor staalname, bibliotheekvoorbereiding en NGS sequenering voor toepassing van 16S en whole genome shotgun metagenomics ter studie van metapopulaties in gastrointestinale systemen van nutsdieren. Het effect van voedertechnische ingrepen op het rumen-microbioom van runderen nagaan, met als doel de uitstoot van methaan als broeikasgas te beperken. Door gebruik te maken van 16S metagenomics zullen verschuivingen in de microbiële gemeenschap, al dan niet methanogeen, in kaart worden gebracht. In kaart brengen van het effect van antibiotica en alternatieve antimicrobiële middelen op het darmmicrobioom en het resistoom, dit is de kwalitatieve en kwantitatieve verzameling van (antibiotica)resistentiegenen, van gespeende biggen door middel van 16S en whole genome shotgun metagenomics.

10 Ons aanbod Deze PhD is een samenwerking tussen de eenheid Dier en de eenheid Technologie & Voeding van het ILVO. De onderzoeksgroep Rundveehouderij van de eenheid Dier is er onder andere op gericht om via voedingsfysiologisch onderzoek de nutriëntenvoorziening zo goed mogelijk af te stemmen op de behoeften van het rund. Nauw daaraan gekoppeld zoekt de groep ook om de uitstoot van mineralen en gassen in het milieu te beperken. Meer specifiek is er het onderzoek naar mogelijkheden om door voedertechnische maatregelen de emissie van methaan van rundvee te beperken. In dat kader is het van groot belang om via moleculaire technieken zicht te krijgen op de effecten van bepaalde behandelingen op de samenstelling van de pensflora. Dit betekent dat er naast labowerk ook dierproeven uitgevoerd zullen worden. De onderzoeksgroep Voedselveiligheid van de eenheid Technologie en Voeding is gericht op de verbetering van de microbiologische en chemische veiligheid van voedingsmiddelen van dierlijke en plantaardige oorsprong. Deze onderzoeksgroep is samengesteld uit 20-tal jonge en senior onderzoekers. De microbiologische veiligheid focust op de beheersing van zoönotische pathogenen en schadelijke bacteriën in de ganse voedselproductieketen. Hiervoor wordt gebruik gemaakt van geavanceerde moleculaire en in vitro technologieën voor detectie, identificatie, typering en studie van het gedrag van pathogene en bederforganismen. Naast analyses in het labo vormen staalnames in de praktijk ook een belangrijk aspect van het onderzoek. Je zal terechtkomen in een dynamische werkomgeving met aantrekkelijke arbeidsvoorwaarden. Als deel van het Genomics team zal je bepaalde verantwoordelijkheden krijgen en wordt er verwacht dat je een bijdrage zal leveren aan algemene taken binnen het project. Je profiel Je hebt een universitair diploma (Master) in de biochemie/biotechnologie, bio-ingenieurswetenschappen optie celen genbiotechnologie, biomedische wetenschappen of gelijkwaardig en een sterke interesse in bio-informatica.

11 Algemene voorwaarden en richtlijnen Je profiel Je behaalde minimaal onderscheiding voor je Master diploma. Je bent gefascineerd door wetenschappelijk onderzoek en bent gemotiveerd om aan een PhD te werken. Je neemt graag initiatief, je bent creatief, enthousiast, ambitieus en werkt resultaatgericht. Je bent bereid om actief bij te dragen tot een stimulerende werkomgeving. Je kan zelfstandig werken maar werkt eveneens graag in een team. Je bent sociaal vaardig en schrikt er niet voor terug om het woord te nemen in groep. Je hebt een vlotte pen, een goede mondelinge uitdrukkingsvaardigheid. Je spreekt en schrijft vlot in het Engels. Algemene voorwaarden Meer informatie over de arbeidsvoorwaarden en het reglement vind je op de ILVO website. Voor vragen in verband met het verloningspakket als doctoraatsbursaal, contacteer de personeelsdienst van ILVO. Hoe solliciteren? Geïnteresseerde kandidaten versturen een motivatiebrief, visietekst en CV, met duidelijke vermelding van hun voorkeursonderwerp(en), naar de Administrateur-Generaal van het ILVO, Erik Van Bockstaele. In de visietekst (maximaal 5 pagina s) benadruk je hoe je zou omgaan met de verschillende uitdagingen die zich stellen binnen dit GA-GENOMICS project. Mogelijke uitdagingen zijn, naast de inhoudelijke uitdagingen geschetst per PhD, de integratie van technologische aspecten en de biologische vraagstelling en de samenwerking met andere PhD studenten. Bijkomende informatie over het project kan verkregen worden via de contactpersoon. Reageren kan tot maandag 12 augustus. Verder verloop Potentieel geschikte kandidaten worden uitgenodigd op een selectiegesprek begin september.