WALAEUS BIBLIOTHEEK LUMC-C1-Q

Transcriptie

1 WALAEUS BIBLIOTHEEK LUMC-C1-Q Handleiding voor het zoeken in PubMed Walaeus Bibliotheek LUMC Februari 2008

2 Inhoud: 1. Inleiding MeSH Terms en subheadings Pharmacological Actions Substance Names Zoeken in PubMed Hulp bij het zoeken in PubMed Zoeken op onderwerp Automatic Term Mapping Details: hoe heeft PubMed gezocht? Zoeken via de MeSH Database Zoeken met frases Zoeken in afzonderlijke velden Zoeken op auteur De Journals Database: zoeken op tijdschriftnaam Zoeken op oorspronkelijke taal De Single Citation Matcher: opzoeken van bekende referenties De zoekgeschiedenis Combineren Truncatie Zoeken via indexen: Preview/Index Limits: zoeken met inperkingen, op: veld publicatiedatum invoerdatum (Entrez Date) mens/dier geslacht talen subset publicatie-type (Article Type) leeftijden referenties met een samenvatting artikelen die voor iedereen gratis fulltext zijn auteursnaam tijdschriftnaam Inperken via Clinical Queries Referenties Format van de referenties Aantal referenties per pagina Related articles Links naar fulltext artikelen Sorteren van referenties Selecteren van referenties Clipboard Opslaan (downloaden) van referenties Mailen van referenties Afdrukken (printen) van referenties My NCBI Opslaan en weer oproepen van zoekstrategieën Attenderingen (alerts) Markeren van zoekwoorden in referenties Tabs voor sub-aantallen referenties 15. Bijlagen: 1. Alfabetische lijst van subheadings Subheadings op onderwerp gerangschikt PubMed-zoekvelden en hun afkortingen 18. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 1

3 1. Inleiding PubMed is een bestand met beschrijvingen (referenties) van artikelen uit meer dan 5000 tijdschriften op het gebied van de geneeskunde en verwante vakgebieden. De beschreven artikelen zijn gepubliceerd in meer dan 50 talen; tegenwoordig is ca. 90% van de artikelen Engelstalig. Het bestand gaat terug tot 1949 en bevat meer dan 16 miljoen referenties. PubMed-referenties bestaan uit verschillende onderdelen (velden), met o.a. de auteur(s) en de titel van het artikel, tijdschriftgegevens, MeSH Terms (toegevoegde trefwoorden) en een samenvatting. PubMed-referentie (met MeSH Terms) De meest recente referenties bevatten nog geen MeSH Terms. Ze zijn te herkennen aan de aanduiding [PubMed - in process] of [PubMed - as supplied by publisher]. Na toevoeging van de MeSH Terms krijgen ze de aanduiding [PubMed - indexed for MEDLINE]. Sommige referenties krijgen nooit MeSH Terms. Ze hebben betrekking op nietmedische artikelen uit tijdschriften met een breed onderwerpsgebied, bijvoorbeeld Science. Ze hebben de aanduiding [PubMed] MeSH Terms en subheadings MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de referenties zijn toegevoegd. Er zijn thans ruim MeSH Terms, die tezamen een hiërarchisch systeem vormen: de Tree. In een zoekactie met een MeSH Term worden ook alle MeSH Terms betrokken uit de hiërarchische onderverdeling(en) van dat trefwoord. PubMed bevat een uitgebreid systeem van Automatic Term Mapping om bij zoektermen de passende MeSH Terms te vinden, en biedt via de MeSH Database de mogelijkheid te grasduinen in het hiërarchische systeem van de MeSH Terms. De indexeerders kennen gemiddeld 15 MeSH Terms per referentie toe. Gemiddeld 3 daarvan worden als belangrijk gekenmerkt (Major Topic headings); deze zijn in de referenties te herkennen aan een *. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 2

4 Aan MeSH Terms zijn in veel gevallen subheadings toegevoegd, waarmee een nadere specificatie wordt aangegeven, bijvoorbeeld adverse effects of therapeutic use als toevoeging bij een MeSH Term betreffende een geneesmiddel. Via de MeSH Database (2.2.3.) kun je inperken tot Major Topic headings, en zoeken op combinaties van MeSH Terms en subheadings. Voor een overzicht van de 83 verschillende subheadings, zie bijlagen 1 en Pharmacological Actions In het hiërarchische systeem van MeSH Terms zijn stoffen met een bepaalde "werking" niet gezamenlijk gerangschikt onder een MeSH Term betreffende die werking. Zo is de MeSH Term Aldrin géén onderverdeling van de MeSH Term Insecticides. Wel bestaat er een koppeling tussen de Pharmacological Action Insecticides en de MeSH Term Aldrin. Ook bestaat er een koppeling tussen Pharmacological Actions (bijvoorbeeld Insecticides) en Substance Names (bijvoorbeeld aminocarb). In een zoekactie op een Pharmacological Action worden alle MeSH Terms en Substance Names betrokken die eraan gekoppeld zijn. De Automatic Term Mapping van PubMed helpt bij het opsporen van Pharmacological Actions Substance Names Voor chemische stoffen waarvoor geen MeSH Terms bestaan zijn soms Substance Names beschikbaar. Bij elke Substance Name hoort een MeSH Term betreffende een breder concept. Aan referenties worden zowel de desbetreffende Substance Name áls de bijbehorende MeSH Term toegevoegd. Referenties betreffende het insecticide aminocarb krijgen de Substance Name aminocarb én de MeSH Term Phenylcarbamates. Referenties met de Substance Name aminocarb worden o.a. opgespoord met een zoekactie met Pharmacological Action Insecticides. De Automatic Term Mapping van PubMed helpt bij het opsporen van Substance Names. 2. Zoeken in PubMed Je kúnt ingewikkelde zoekacties in één keer op de zoekbalk typen, maar dat heeft nadelen. Zo weet je bij een onverwacht groot of klein aantal referenties niet door welke zoekterm(en) dat veroorzaakt werd. Werk liever op de volgende manier: - Ontleed de vraag in aspecten - Begin de zoekacties betreffende de afzonderlijke aspecten op de zoekbalk van PubMed. Kijk na elke zoekactie via Details hoe PubMed gezocht heeft. Maak gebruik van de zoektermen die PubMed aanreikt, en realiseer je dat bij het free text zoeken synoniemen en woordvariaties belangrijk zijn. - Zoek op elk aspect afzonderlijk, begin met het belangrijkste aspect, en maak later de AND-combinatie(s) tussen de aspecten. - Als het belangrijkste aspect maar weinig referenties oplevert, probeer het dan uit te breiden (zeker als er geen MeSH Term in de zoekactie betrokken werd). Als het aantal referenties klein blijft, hoef je geen nieuwe aspecten toe te voegen. - Als de AND-combinatie van de aspecten te veel oplevert, bedenk dan hoe de zoekactie ingeperkt kan worden. Inperken tot recente jaren is vrijwel altijd nodig. In PubMed kun je zoeken op veel verschillende manieren, van eenvoudig tot zeer geavanceerd. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 3

5 In vrijwel alle PubMed-schermen is de zoekbalk aanwezig, waarop je een of meer zoektermen kunt typen. Het systeem van Automatic Term Mapping probeert vervolgens die zoektermen om te zetten in geschikte MeSH Terms, subheadings, Pharmacological Actions, Substance Names en free text termen Hulp bij het zoeken in PubMed PubMed biedt goede ondersteuning tijdens het zoeken, o.a. via de opties Overview, Help, FAQ (Frequently Asked Questions) en Tutorials, alle in de zijbalk. Ook kun je hulp vragen aan de medewerkers van de Walaeus Bibliotheek Zoeken op onderwerp Op de zoekbalk typ je een of meer woorden, bijvoorbeeld: - heart enkelvoudige zoekterm - heart attack frase (zoekterm die uit 2 of meer woorden bestaat) Druk daarna op <Enter> of klik op Go, dan verschijnt vervolgens het referentie-scherm. Referentie-scherm Details zoekbalk referenties Automatic Term Mapping Bij zoeken op onderwerp is het belangrijk dat je zowel trefwoorden (MeSH Terms, subheadings, Pharmacological Actions, Substance Names) als free text termen gebruikt. Met MeSH Terms, subheadings en Substance Names spoor je de referenties op waaraan deze trefwoorden zijn toegevoegd. Met Pharmacological Actions worden de daaraan gekoppelde MeSH Terms en Substance Names in de zoekactie betrokken. Free text is de enige zoekmogelijkheid voor de referenties zonder toegevoegde trefwoorden. Bij deze wijze van zoeken is het belangrijk dat je synoniemen en woordvarianten bedenkt en in je zoekactie opneemt. PubMed gebruikt het systeem van Automatic Term Mapping om woorden op de zoekbalk zo mogelijk om te zetten in trefwoorden en free text termen. Dit werkt als volgt: - de computer gaat na of de zoektermen overeenkomen met MeSH Terms, subheadings, Pharmacological Actions of Substance Names - als dat het geval is wordt op die trefwoorden gezocht, en bovendien nog op de zoektermen als Text Word (free text woord in o.a. titel en samenvatting) - als geen trefwoord wordt gevonden, worden de ingetypte zoektermen in All Fields (free text in alle velden) gezocht PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 4

6 Details: hoe heeft PubMed gezocht? Via de optie Details (onder de zoekbalk) roep je het Details-scherm op, dat laat zien hoe PubMed gezocht heeft. Desgewenst kun je in het Details-scherm veranderingen in de zoekactie aanbrengen, bijvoorbeeld door zoektermen toe te voegen. Via Search wordt de gewijzigde zoekactie daarna uitgevoerd. N.B. Als een zoekwoord getrunceerd is, wordt de Automatic Term Mapping uitgezet. Zie ook 2.7. Zoekterm(en) Zoekactie uitgevoerd in PubMed Aantal refs. heart heart [MeSH Terms] OR heart[text Word] heart attack ("myocardial infarction"[tiab] NOT Medline[SB]) OR "myocardial infarction"[mesh Terms] OR heart attack[text Word] attack heart attack[all Fields] AND ( heart [MeSH Terms] OR heart[text Word] heart attack* heart attack[all Fields] OR heart attacks[all Fields] anaemia anemia[text Word] OR anaemia[text Word] OR "anemia"[mesh Terms] therapy "therapy"[subheading] OR ("therapeutics"[tiab] NOT Medline[SB]) OR "therapeutics"[mesh Terms] OR therapy[text Word] insecticides "insecticides"[mesh Terms] OR "insecticides"[pharmacological Action] OR insecticides[text Word] aminocarb "aminocarb"[substance Name] OR aminocarb[text Word] Zoeken via de MeSH Database De MeSH Database (zijbalk) helpt bij het opsporen van MeSH Terms, die je daarna in je zoekactie kunt opnemen. Typ een of meer woorden op de zoekbalk van de MeSH Database. Dan krijg je een aantal Suggestions, en meestal een aantal MeSH Terms, voorzien van een volgnummer. Klikken op een MeSH Term leidt naar een pagina met uitgebreidere informatie over dat trefwoord, waaronder de: - Omschrijving - Lijst van toepasbare subheadings - Mogelijkheid in te perken tot Major MeSH Terms - Mogelijkheid te zoeken zonder "Explode" (d.w.z. zonder onderverdeling) - Hiërarchische omgeving Via aanvinken van het vakje voor de MeSH Term, klikken op Search Box with AND (in het uitklapmenu onder Send to) en vervolgens klikken op Search PubMed, bewerkstellig je een zoekactie met de geselecteerde MeSH Term in PubMed. Je zoekt dan op de geselecteerde MeSH Term én álle onderliggende MeSH Terms (een zogenaamde "explode"), zoals dat ook gebeurt als je via de PubMed-zoekbalk (Details!) op een MeSH Term zoekt. Het is met name belangrijk dat je de MeSH Database gebruikt als via Details gebleken is dat er geen MeSH Term (of een ander trefwoord) in de zoekactie betrokken werd. Als het systeem van Automatic Term Mapping geen trefwoord opspoorde betekent dat niet dat het niet bestaat! Een zoekactie via de MeSH Database dient nog aangevuld te worden met free text zoekwoorden, om zo ook de referenties die geen MeSH Terms hebben te doorzoeken. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 5

7 Zoeken met frases Op de zoekbalk kun je meerwoordige zoektermen (frases) typen. PubMed kan deze op de volgende manieren verwerken tot zoekacties (te bekijken met Details): - De frase wordt gemapt naar een MeSH Term (of een Pharmacological Action of een Substance Name) en een free text frase. Voorbeeld: liver disease wordt vertaald naar ("liver diseases"[tiab] NOT Medline[SB]) OR "liver diseases"[mesh Terms] OR liver disease[text Word] - De frase wordt vertaald naar de AND-combinatie tussen de woorden in de frase. Voorbeeld: asbestos bodies wordt vertaald naar ("asbestos"[mesh Terms] OR asbestos[text Word]) AND bodies[all Fields]. Dit zal i.h.a. niet de bedoeling zijn. Om te bewerkstelligen dat de woordcombinatie als frase gezocht wordt, moet je de frase tussen aanhalingstekens zetten: asbestos bodies wordt vertaald naar asbestos bodies[all Fields]. Zoek daarnaast ook nog op asbestos body ; juist bij free text termen zijn synoniemen belangrijk! N.B. Plaats de aanhalingstekens alléén nadat via Details gebleken is dat een frase niet naar een geschikte MeSH Term (of ander trefwoord) werd vertaald. - Liver disease wordt gemapt naar de MeSH Term Liver Diseases. Dan ga je dus niet met aanhalingstekens werken. - Zoek je toch op "liver disease", dan geeft dit een zwaar onvoldoende resultaat! - De frase met aanhalingstekens roept een roze balk op met de tekst Quoted phrase not found. Dit betekent dat de frase niet in de frasen-lijst van PubMed voorkomt, en dat er helaas niet op de gewenste woordvolgorde gezocht kan worden, hoewel deze wel in referenties kan voorkomen. Voorbeeld: corporate greed. PubMed zoekt, ondanks de aanhalingstekens, met een AND-combinatie, terwijl de frase coporate greed wel in referenties voorkomt Zoeken in afzonderlijke velden Op verschillende manieren kun je zoeken in afzonderlijke velden: - Met veldaanduidingen (zie onderstaande voorbeelden en bijlage 3) - Via Preview/Index (zie 2.8.) - Via Limits (o.a. Tag Terms, zie en Search by Author, zie ) Voorbeelden van het zoeken met veldaanduidingen: - melanoma[ti] zoeken in de titel - dutch[la] zoeken op taal - davis[au] zoeken op auteursnaam Zoeken op auteur Via de zoekbalk kun je direct zoeken op auteur, liefst met de veldaanduiding [au]. Enige voorbeelden van zoektermen en bijbehorende zoekacties: - davis[au] achternaam Davis met verschillende initialen - davis A[au] Davis A, Davis AA, Davis AB, etc. - davis AB[au] Davis AB - "davis A"[au] Davis A - davis a@[au] Davis A Via Preview/index (2.8.) kun je de auteurs-index oproepen In referenties in het Abstract-, AbstractPlus- of Citation-format (3.1.) kun je via aanklikken van een auteursnaam zóeken op die naam De Journals Database: zoeken op tijdschriftnaam Op de zoekbalk van PubMed kún je eventueel een volledige of afgekorte tijdschriftnaam of een ISSN (International Standard Serial Number) typen. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 6

8 Je kunt echter veel handiger werken via de Journals Database (zijbalk). Voorbeelden van zoeken in de Journals Database: Zoeken Zoekresultaat ned 12 tijdschriften, waaronder Nederlands tijdschrift voor geneeskunde nederlands 8 tijdschriften, waaronder Nederlands tijdschrift voor geneeskunde ned tijdschr geneeskd 2 tijdschriften, waaronder Nederlands tijdschrift voor geneeskunde Nederlands tijdschrift voor geneeskunde Klik in de lijst van het zoekresultaat op de gewenste tijdschriftnaam. Je krijgt dan een uitgebreidere beschrijving van het tijdschrift, met o.a. de uitgever en het startjaar in PubMed. Via Links (rechts van de titel, in zowel de korte als de uitgebreide tijdschriftbeschrijving) en vervolgens PubMed, bewerkstellig je een zoekactie op het desbetreffende tijdschrift Zoeken op oorspronkelijke taal Via Limits en Default Tag (zie ) is Transliterated Title beschikbaar. Zoek je met deze inperking op wandelende nier dan krijg je referenties van Nederlandstalige artikelen met de woorden wandelende en nier in de titel. In de Engelse vertaling van de titel kun je zien wat de Engelse benaming van wandelende nier is. Daarmee kun je vervolgens je echte zoekactie uitvoeren De Single Citation Matcher: opzoeken van bekende referenties Via de Single Citation Matcher (zijbalk) kun je, met een minimum aan ingevulde informatie, referenties van reeds bekend artikel opzoeken. Je vult bijvoorbeeld alleen het publicatiejaar (Date), het nummer van de beginpagina, een auteursnaam en een titelwoord in. Single Citation Matcher Toepassingen van deze wijze van zoeken zijn o.a.: - Het opsporen van de samenvatting van een artikel - Het opsporen van de eindpagina, het volumenummer, of een ander gegeven dat ontbreekt in een incomplete artikelbeschrijving (die je op een andere manier dan in PubMed hebt gevonden) - Het oproepen van een referentie met de bedoeling deze op te slaan in een database, zoals Reference Manager 2.5. De zoekgeschiedenis Via History roep je het History-scherm op. Dit geeft de zoekgeschiedenis: een opsomming van alle tot dan toe gevormde sets (afzonderlijke zoekacties). Het History-scherm gebruik je voor het combineren van sets (zie 2.6.) en voor het opnieuw oproepen van oude zoekacties. Vanuit het History-scherm bereik je het referentie-scherm door op het referentie-aantal van de gewenste set te klikken. Als je een set uit de zoekgeschiedenis wilt verwijderen, klik je op het bijbehorende setnummer; in het dan verschenen uitklapmenu klik je op Delete. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 7

9 Als de set die je wilt verwijderen in andere sets verwerkt is (bijvoorbeeld #2 in onderstaande afbeelding), krijg je géén waarschuwing dat die andere sets (#3 en #5) waardeloos worden. Via Clear History verwijder je de hele zoekgeschiedenis. Als je een nieuwe zoekactie daarna graag met #1 wilt laten beginnen, is het meestal nodig ook Clear History toe te passen in de MeSH Database en de Journals Database Combineren Tussen sets en/of zoektermen (woorden, frases, auteursnamen, tijdschriftnamen, etc.) kun je verschillende soorten combinaties maken: AND, OR en NOT. A AND B A OR B A NOT B AND, OR en NOT móéten met hoofdletters; voor een setnummer móét een #. Links en rechts van AND, OR of NOT móét een spatie. De AND-, OR- en NOT-combinaties worden uitgevoerd in de volgorde waarin ze staan. Met haakjes kun je een andere volgorde bewerkstelligen. Combineren kan op de zoekbalk op verschillende manieren, bijvoorbeeld met: - Twee of meer woorden, bijvoorbeeld heart attack sports. Het systeem van Automatic Term Mapping vertaalt ze zo mogelijk naar een of meer trefwoorden en free text termen. Tussen verschillende variaties voor één begrip (bijvoorbeeld MeSH Term en Text word) wordt een OR-combinatie aangebracht, tussen de verschillende begrippen een AND-combinatie. - Combinaties van zoektermen, bijvoorbeeld heart attack AND sports. - Combinaties van sets of combinaties van sets en zoektermen, bijvoorbeeld #2 AND (#3 OR #4) #2 AND sports[ti] #2 AND (football OR tennis) Combineren kan ook via aanklikken van setnummers in de zoekgeschiedenis. Om #2 en #4 met OR te combineren klik je eerst op #2, vervolgens op OR, dan op #4, daarna weer op OR, en tenslotte op Go. Je zoekactie wordt: ((#2)) OR (#4) Combineren via aanklikken levert veel overbodige haakjes op, en kost veel muis-werk. Bovendien is het lastig om AND en OR in één zoekactie verwerken Truncatie Via truncatie zoek je op de OR-combinatie van zoektermen die met dezelfde woordstam beginnen. Achter die woordstam typ je daartoe een truncatieteken: de * Met bacter* zoek je op alle woorden die met bacter beginnen. Als meer dan 600 termen aan een truncatie voldoen, wordt alleen op de eerste 600 termen gezocht. Op het scherm verschijnt een waarschuwing in een roze balk. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 8

10 N.B. Wees voorzichtig met truncatie op de zoekbalk. Gebruik bij onderwerpsvragen géén truncatie op de zoekbalk, omdat dan het systeem van Automatic Term Mapping niet toegepast wordt, waardoor er: 1. geen vertaling naar MeSH Terms e.d. plaatsvindt 2. niet op onderverdelingen van MeSH Terms wordt gezocht Wel kun je de free text termen in het Details-venster trunceren. Dit is zelfs heel nuttig, omdat bij free text zoeken zoveel mogelijk woordvariaties betrokken moeten worden. Pas geen truncatie toe op frases die je tussen aanhalingstekens hebt geplaatst. asbestos bod* levert 0 referenties op, terwijl zowel asbestos bodies als asbestos body wel resultaat geeft. Zoek dus op asbestos bodies OR asbestos body Lees de waarschuwing in over aanhalingstekens op de zoekbalk. Op de volgende manier profiteer je van zowel Automatic Term Mapping als truncatie. - Liver diseases wordt gemapt (Details) naar: ("liver diseases"[mesh Terms] OR liver diseases[text Word]) - In het Details-scherm trunceer je de free text term. Je krijgt dan: ("liver diseases"[mesh Terms] OR liver disease*[text Word]) - Dit levert meer referenties op dan de oorspronkelijke zoekactie Zoeken via indexen: Preview/Index Via Preview/Index bereik je het Preview/Index-scherm, met o.a. de zoekgeschiedenis van de 3 laatstgevormde sets. Helemaal onder in het scherm kun je indexen van verschillende velden oproepen. Na het kiezen van een veld, en het typen van een woord(deel) op de ernaast gelegen zoekbalk, klik je op Index, waarna een deel van de index verschijnt. Via Up of Down bereik je andere delen van de index. Selecteer een of meer termen (voor meer termen gebruik je de Ctrl-toets) in de index en klik daarna op AND, OR of NOT. Als de zoekbalk leeg was verschijnen daarin alleen de gekozen termen; stond er al een term op de zoekbalk, dan wordt de gekozen term daaraan toegevoegd. Preview/Index-scherm 3 laatstgevormde sets zoekbalk index-soort index 2.9. Limits: zoeken met inperkingen Via Limits stel je inperkingen in, voor een of meer categorieën. Binnen een categorie kun je een of meer keuzes maken. Na zoeken met inperkingen staan op het referentie-scherm de ingestelde inperkingen aangegeven, in een gele balk. Dit geldt niet voor Search by Author of Journal. Een ν voor de Limits-optie geeft aan dat een of meer inperkingen ingesteld staan. Je kunt ze alle in één keer verwijderen door de ν weg te klikken. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 9

11 Gele balk met inperkingen N.B. Inperken op leeftijd, geslacht en mens/dier betekent tevens een inperking tot alleen referenties met MeSH Terms. Referenties zonder MeSH Terms (waaronder de meest recente PubMed-referenties) worden automatisch uitgesloten, aangezien zij de genoemde inperkingscategorieën (nog) niet bezitten Inperken op veld Helemaal onder in het Limits-scherm staat onder Tag Terms de optie Default Tag. In het bijbehorende uitklapmenu zijn 27 velden beschikbaar. Inperken op een afzonderlijk veld betekent in feite: zoeken in dat veld. Deze manier van zoeken/inperken is o.a. handig voor het zoeken op oorspronkelijke taal (Transliterated Title) en werkadres (Affiliation). Voor de meeste velden heeft inperken op een andere manier de voorkeur Inperken op publicatiedatum Klik op Any Date, achter Published in the Last. Dan krijg je een uitklapmenu met: - 9 periodes Let op: de periodes van 1, 2, 3, 5 en 10 jaar komen niet overeen met kalenderjaren. 1 year perkt in tot de periode van precies 1 jaar geleden tot en met vandaag. - de optie Specify date range. Deze verdient in de meeste gevallen de voorkeur. Na de keuze van Specify date range krijg je 6 vakjes, waarin je begin- en einddatum kunt invullen. Maanden en dagen hoeven niet ingevuld te worden Inperken op invoerdatum (Entrez Date) Klik op Any Date, achter Added to PubMed in the Last. Net als bij het inperken op publicatiedatum krijg je een uitklapmenu, met dezelfde opties die in genoemd worden. Toepassingen van het inperken op invoerdatum kunnen zijn dat je een eerder uitgevoerde zoekactie nogmaals uitvoert: - in de toen beschikbare periode - in de nieuw toegevoegde periode Inperken op mens/dier De opties Humans en Animals zijn beschikbaar. Zie N.B. bij Inperken op geslacht De opties Female en Male zijn beschikbaar. Zie N.B. bij Inperken op talen In een lijst met meer dan 50 talen kun je er een of meer aanvinken Inperken op subset Er zijn 14 subsets beschikbaar. Van sommige is de betekenis wellicht niet meteen duidelijk, bijvoorbeeld: - Core clinical journals Een lijst die 20 jaar geleden werd opgesteld, met 120 Engelstalige klinische toptijdschriften PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 10

12 - MEDLINE Referenties met MeSH Terms PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 11

13 Inperken op publicatie-type (Article Type) Er zijn bijna 50 publicatie-typen beschikbaar. Door de opsomming in 2 alfabetische lijsten ontbreekt het onderlinge verband dat tussen sommige typen bestaat. Clinical Trials Phase I tot en met IV zijn alle 4 inbegrepen in Clinical Trial. Ook Controlled Clinical Trial is inbegrepen in Clinical Trial. Randomized Controlled Trial is wel inbegrepen in Clinical Trial, maar niet in Controlled Clinical Trial. Een hiërarchische opsomming van publicatie-typen is te verkrijgen door op de zoekbalk van de MeSH Database een publicatietype te typen, bijvoorbeeld editorial. Klik na de zoekactie op Editorial [Publication Type]. Klik daarna (onder in) het dan verkregen scherm in de hiërarchie boven Editorial op Publication Type Category Inperken op leeftijden Je kunt kiezen uit 13 leeftijdsgroepen. Een aantal groepen bestaat uit een samenvoeging van andere groepen. 80+ years is inbegrepen in 65+ years. Beide zijn ze inbegrepen in 45+ years. Zie N.B. bij Inperken op referenties met een samenvatting Onder Full Text, Free Full Text, and Abstracts staat de optie Abstracts. Vóór 1975 werden vrijwel geen samenvattingen toegevoegd. Vanaf dat jaar zijn ze in toenemende mate beschikbaar. Thans zijn samenvattingen beschikbaar als het beschreven artikel een Engelstalige samenvatting bezit Inperken tot artikelen die voor iedereen gratis fulltext zijn Onder Full Text, Free Full Text, and Abstracts staat de optie Links to free full text. Inperken hiermee geeft artikelen die voor iedereen gratis fulltext zijn De bijbehorende referenties hebben in het Summary-format een icoon met een groene band: N.B. Deze inperkingsmogelijkheid staat geheel los van de toegangsinformatie voor fulltext artikelen via SFX (zie 3.4.). Als je bij een zoekactie zoveel mogelijk fulltext beschikbare artikelen wilt opsporen, perk dan niet in met Links to free full text, maar kijk in je zoekresultaat eerst naar de iconen met de groene band, en kijk bij de overige referenties naar de SFX-iconen Inperken op auteursnaam In Limits is de optie Search by author beschikbaar. Via Add author krijg je een zoekbalk waarop je een auteursnaam kunt typen. Tijdens het typen verschijnt een lijst van achternamen, met en zonder initialen. Wees voorzichtig met deze lijst! - De initialen staan niet in alfabetische volgorde. - Lang niet alle initialen die bij aan naam horen zijn aangegeven. Gebruik deze toepassing alleen voor een auteursnaam zonder initialen. Meestal is het voldoende die naam met een onderwerpszoekactie te combineren. Gebruik voor overige zoekacties naar auteurs de optie Preview/Index ( 2.8.) Inperken op tijdschriftnaam Gebruik voor het zoeken op tijdschriftnaam bij voorkeur de Journals Database (2.3.2.) PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 12

14 2.10. Inperken via Clinical Queries Via Clinical Queries (zijbalk) kun je een zoekactie inperken tot: - Clinical Study Category Je kiest één optie uit de Category-lijst, en een Scope. "Narrow, specific search" betekent: zo weinig mogelijk irrelevante referenties. "Broad, sensitive search" betekent zo veel mogelijk relevante referenties. - Systematic Reviews De inperkende zoektermen zijn te vinden via Help (boven de zoekbalk) en search strategy in het dan verkregen scherm. - Medical Genetics Searches Je kunt een of meer opties aanklikken De inperkende zoektermen (filters) voor Clinical Study Category en Medical Genetics Searches krijg je door klikken op filter table. Voor alle 3 de hierboven genoemde inperkingsopties is een zoekbalk beschikbaar. Hierop kun je een setnummer of een of meer zoektermen typen. 3. Referenties Na een zoekactie verschijnt het referentie-scherm, met 1 referentie in het AbstractPlusformat of met maximaal 20 referenties in het Summary-format. Het totaal-aantal referenties en het sub-aantal betreffende Review-artikelen worden vermeld. Voor andere sub-aantallen zie 4.1. Andere pagina's met referenties roep je op met Next, of door achter Page het desbetreffende paginanummer in te vullen. De referenties worden op volgorde van invoerdatum gepresenteerd, de meest recente eerst. Referentie-scherm zoekbalk Details Sort by referenties 3.1. Format van de referenties Bij een zoekresultaat van 1 referentie verschijnt deze in het AbstractPlus-format. Grotere aantallen referenties worden standaard in het Summary-format gepresenteerd. Voor andere formats kies je een optie onder Summary (of onder AbstractPlus). Het MEDLINE-format is verplicht voor opslag in een eigen database, bijvoorbeeld in Reference Manager Aantal referenties per pagina Standaard worden 20 referenties per pagina getoond. Andere aantallen per pagina (maximaal 500) zijn in het uitklapmenu onder 20 beschikbaar Related articles In referenties in het AbstractPlus-format worden 5 gerelateerde referenties getoond. Via See all Related Articles krijg je ze allemaal. Referenties in andere formats hebben rechtsboven de optie Related Articles. Gerelateerde referenties zijn door de computer geselecteerd naar hun overeenkomst - op grond van trefwoorden, titelwoorden e.d. - met de uitgangs-referentie. Een opgeroepen lijst van Related Articles krijgt een setnummer, en je kunt deze referenties desgewenst inperken via Limits, bijvoorbeeld op taal of op publicatiedatum. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 13

15 3.4. Links naar fulltext artikelen De gewone toegang tot PubMed ( toont, in Abstract-, AbstractPlusen Citation-format, soms uitgevers-iconen. Deze leiden i.h.a. alleen naar het desbetreffende fulltext artikel als de Walaeus Bibliotheek voor het bijbehorende tijdschrift heeft betaald. De speciale Leidse toegang tot PubMed (o.a. bereikbaar via de homepage van de Walaeus Bibliotheek > Ga snel naar > PubMed) toont bij alle referenties in Abstract-, AbstractPlus- en Citation-format de speciale Leidse icoon: Deze geeft specifieke Leidse informatie over de beschikbaarheid van artikelen: fulltext of gedrukt. Dit werk als volgt: Klikken op roept een SFX-scherm op, met als eerste twee opties: - Wel of niet beschikbaar zijn van het fulltext artikel - Nagaan van beschikbaarheid van het gedrukte tijdschrift via de Algemene Catalogus Universiteit Leiden Deze tweede optie is met name belangrijk als het artikel niet fulltext beschikbaar is. Let op de volgende zaken: - De meeste fulltext tijdschriften zijn alleen toegankelijk vanaf computers in het LUMC en de Universiteit Leiden, of via U-LIP, de Library Information Portal van de Universiteit Leiden. ( - In zeldzame gevallen wordt voor de toegang tot een fulltext artikel een password gevraagd. Dit is te vinden in het SFX-venster. Sommige fulltext artikelen zijn voor iedereen gratis beschikbaar (zie en 4.1.) 3.5. Sorteren van referenties Referenties zijn standaard gerangschikt op invoerdatum (Entrez Date) in PubMed. Via Sort by kan worden gesorteerd op auteur, tijdschrift of publicatiedatum Selecteren van referenties Je selecteert referenties door het vakje ervoor aan te vinken. De geselecteerde referenties kun je downloaden, mailen of op het clipboard zetten. Dit gaat via opties in het uitklapmenu onder Send to Clipboard Het clipboard heeft als functie een lijst van zelfgekozen referenties te maken - desgewenst afkomstig uit verschillende sets - die naderhand gedownload, g d of afgedrukt wordt. Het clipboard kan maximaal 500 referenties bevatten. Via Clipboard (in het uitklapmenu onder Send to) zet je geselecteerde (aangevinkte) referenties uit een set op het clipboard. Selecteerde je geen referenties, dan gaan alle referenties uit de set (dus van alle pagina's) naar het clipboard. Referenties op het clipboard hebben (ook in andere referentie-lijsten) een groen referentienummer. In de Search History wordt het Clipboard aangegeven als: #0 pubmed clipboard. Je roep de referenties op het clipboard op via Clipboard (onder de zoekbalk) of via #0. Je verwijdert een aantal (die je dan eerst moet aanvinken) of alle referenties van het clipboard door op Clip Remove (in het uitklapmenu onder Send to) te klikken. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 14

16 3.8. Opslaan (downloaden) van referenties Referenties uit een set (de geselecteerde met een ν, of alle als je niet selecteerde) of van het clipboard kun je downloaden. Daartoe moet je eerst het gewenste format instellen (zie 3.1.) en vervolgens op File (in het uitklapmenu onder Send to) klikken. De plaats van opslag kun je kiezen. Het maximum aantal referenties dat in één keer opgeslagen kan worden is Voor opslag in Reference Manager móét je het MEDLINE-format kiezen. Bij het invoeren in Reference Manager moet je het Import Filter PubMed.cap gebruiken Mailen van referenties Referenties uit een set (de geselecteerde met een ν, of alle als je niet selecteerde) of van het clipboard kun je naar een zelfgekozen adres zenden. Daartoe klik je op (in het uitklapmenu onder Send to). In het volgende scherm kies je o.a. het format van de referenties en een sortering, en typ je een adres Afdrukken (printen) van referenties Als je alle referenties uit een set of van het clipboard wilt afdrukken, zet je ze eerst in het gewenste format, en stel je daarna het aantal referenties per schermpagina zó in dat zoveel mogelijk referenties op één schermpagina staan (maximaal 500). Vervolgens kies je Printer (in het uitklapmenu onder Send to) en daarna Print this page. Bij sets van meer dan 500 referenties moet je in twee of meer porties afdrukken. Afdrukken van geselecteerde referenties uit een set gaat via het clipboard. 4. My NCBI De belangrijkst toepassingen van My NCBI zijn: - Opslaan (en weer oproepen) van zoekstrategieën - Inzetten van attenderingen (alerts) - Markeren van zoekwoorden in referenties - Instellen van tabs voor sub-aantallen referenties Voor deze toepassingen moet je inloggen in My NCBI (rechtsboven in de PubMedschermen). Je hebt een User Name en een Password nodig. Als je nog geen codes hebt kun die (gratis) verkrijgen via Register Opslaan en weer optoepen van zoekstrategieën Roep de referenties op van een set die je wilt opslaan. Deze set mag desgewenst setnummers van vorige sets bevatten. Kik op Save Search (rechts van de zoekbalk). Log zo nodig in bij My NCBI. In het Save Search-venster staat je zoekactie aangegeven, die herhaald wordt in de naam voor de zoekactie. Verander die naam in iets eenvoudigers. Kies voor No (bij de vraag of je updates wilt) en klik vervolgens op OK. Daarmee is het opslaan van de zoekstrategie voltooid. Je kunt via My NCBI (zijbalk van PubMed) je opgeslagen zoekstrategie opzoeken en aanklikken, om zo de bijbehorende referenties op te roepen. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 15

17 4.2. Attenderingen (alerts) Volg de eerste stappen van punt 4.1. voor het opslaan van zoekstrategieën. In het Save Search-venster geef je een eenvoudige naam aan je zoekactie. Kies voor Yes (bij de vraag of je updates wilt) en vervolgens krijg je een uitgebreider Save Search-venster. Vul hier je adres en gegevens over de gewenste frequentie van de s in. Klik tenslotte op OK. Met de aangegeven frequentie krijg je s met referenties. Je zoekactie is desgewenst op te roepen via My NCBI Markeren van zoekwoorden in referenties Het markeren ("highlighten") van zoektermen in referenties (van alle formats) kun je instellen via My NCBI. Via My NCBI (in de zijbalk van PubMed) en My Preferences (in de zijbalk van het scherm van My NCBI) krijg je de gelegenheid een markeer-kleur kiezen. Daarna bevestig je met OK. Het markeren werkt bij zoektermen (desgewenst met truncatie), maar niet bij setnummers in een zoekactie. Als je voor een zoekactie met setnummers tóch alle zoektermen gemarkeerd wilt zien, kun je voor de omzetting naar de oorspronkelijke zoektermen gebruikmaken van Save Search (zie 4.1.). Je hoeft daarbij de zoekactie niet echt op te slaan. Je bekijkt in My NCBI hoe je zoekactie met setnummers "vertaald" werd, en brengt daarna de tekstuele zoekactie (achter Your Search in PubMed) via knippen en plakken over naar de zoekbalk van PubMed Tabs voor sub-aantallen referenties Naast de All- en de Review-tab in het referentie-scherm, kun je via de icoon (rechts van de Review-tab) andere tabs instellen met sub-aantallen van zoekresultaten. Als je ingelogd bent in My NCBI krijg je een venster waar je maximaal 5 "filters" kunt kiezen uit een lijst met 9 opties. PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 16

18 Bijlage 1. Alfabetische lijst van subheadings AB AD AE AG AA AN AH AI BI BL BS CF CS CI CH CL CO CN CT CY Abnormalities Administration & Dosage Adverse Effects Agonists Analogs & Derivatives Analysis Anatomy & Histology Antagonists & Inhibitors Biosynthesis Blood Blood Supply Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemical Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH PP PO PC PX Legislation & Jurisprudence Manpower Metabolism Methods Microbiology Mortality Nursing Organisation & Administration Parasitology Pathogenicity Pathology Pharmacokinetics Pharmacology Physiology Physiopathology Poisoning Prevention & Control Psychology DF DI DU DH DE DT EC ED EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth & Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation & Purification RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI Radiation Effects Radiography Radionuclide Imaging Radiotherapy Rehabilitation Secundary Secretion Standards Statistics & Numerical Data Supply and Distribution Surgery Therapeutic Use Therapy Toxicity Transmission Transplantation Trends Ultrasonography Ultrastructure Urine Utilization Veterinary Virology PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 17

19 Bijlage 2. Subheadings op onderwerp gerangschikt. PubMed zoekt bij een subheading met een groepsbenaming automatisch op alle subheadings uit die groep adverse effects etiology physiology poisoning chemically induced genetics toxicity complications growth and development analysis secondary immunology blood congenital metabolism cerebrospinal fluid embryology biosynthesis isolation and purification genetics blood urine immunology cerebrospinal fluid anatomy and histology microbiology deficiency blood supply virology enzymology cytology parasitology pharmacokinetics pathology transmission urine ultrastructure metabolism physiopathology embryology biosynthesis secretion abnormalities blood statistics and numerical data innervation cerebrospinal fluid epidemiology chemistry deficiency ethnology agonists enzymology mortality analogs and derivatives pharmacokinetics supply and distribution antagonists and inhibitors urine utilization chemical synthesis microbiology surgery complications virology transplantation secondary organization and admin therapeutic use cytology economics admin and dosage pathology legislation and juris adverse effects ultrastructure manpower contraindications diagnosis standards poisoning pathology supply and distribution therapy radiography trends diet therapy radionuclide imaging utilization drug therapy ultrasonography pharmacology nursing embryology admin and dosage prevention and control abnormalities adverse effects radiotherapy epidemiology poisoning rehabilitation ethnology toxicity surgery mortality agonists transplantation antagonists and inhib contraindications diagnostic use pharmacokinetics PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 18

20 Bijlage 3. PubMed-zoekvelden en hun afkortingen Afkorting Betekenis Voorbeelden en opmerkingen ad werkadres Leiden[ad] au auteursnaam davis[au] davis ae[au] davis dp publicatie-datum edat Entrez date (invoerdatum in PubMed) 2000[edat] 1999:2000[edat] 1999/04/15:2000/06/30[edat] ip issue (van een tijdschrift) 11[ip] la taal dutch[la] OR english[la] OR german[la] majr Major MeSH-heading melanoma[majr] neoplasms/diet therapy[majr] mh MeSH-heading melanoma[mh] neolplasms/diet therapy[mh] noexp geen explosie; alleen bij MH en MAJR sunlight[mh:noexp] sunlight[majr:noexp] sunlight/ae[mh:noexp] pg pagina-nummer 524[pg] ps persoonsnaam als onderwerp Boerhaave[ps] pt publicatie-type clinical trial[pt] (zie lijst in bijlage 4) sh subheading therapy[sh] ti titelwoorden tw tekstwoorden woorden uit o.a. TI, AB, MH, MAJR, PS vi volume (van een tijdschrift) PubMed-handleiding februari 2008 Walaeus Bibliotheek 19