Onderzoeksprojecten ( van 989)

Transcriptie

1 - 1 Feb :36:03 Onderzoeksprojecten ( van 989) Zoekfilter: Classificaties: Genetica, cytogenetica Moleculair genetische analyse van epileptische encefalopathieën door middel van whole exome sequencing. Abstract: Epilepsie is één van de meest voorkomende neurologische aandoeningen en wordt veroorzaakt door spontane terugkerende epileptische aanvallen uitgelokt door een hypersynchrone hersenactiviteit. De term epilepsie omvat eigenlijk een groep van aandoeningen die zowel klinisch als etiologisch zeer heterogeen zijn. Epileptische encefalopathieën (EE) zijn zeer ernstige vormen van epilepsie waarbij de aanvallen bijdragen tot een neurologische achteruitgang. Karakteristiek voor EE zijn de refractaire aanvallen met een vroege aanvang en cognitieve stoornissen. Aangezien patiënten met EE zodanig zijn aangetast komen zij meestal geïsoleerd voor. EE kunnen naast structurele/metabole defecten veroorzaakt worden door genetische wijzigingen. Het doel van dit project is het verwerven van meer inzichten in de genetische epilepsieën, meer bepaald de EE. Hiervoor zullen we cohorten van goed gedocumenteerde EE-patiënten evenals hun onaangetaste ouders analyseren met whole exome sequencing. Deze trio-strategie stelt ons in staat om de novo mutaties te identificeren in nieuwe epilepsiegenen. Deze nieuwe causale genen zullen vervolgens opgevolgd worden in additionele patiëntencohorten waardoor we genotype-fenotype relaties kunnen beschrijven. De resultaten van dit project zullen leiden tot nieuwe inzichten in de pathomechanismen van epilepsie en bijdragen tot genetische counseling, diagnosticering en therapie. VIB DMG - Neurogenetica Tania Djémié Moleculair genetische analyse van genen voor erfelijke, axonale perifere neuropathieën. Abstract: In dit project willen we een bijdrage leveren tot de opheldering van het pathomechanisme van hereditaire sensorische neuropathieën (HSN). Hereditaire sensorische neuropathieën zijn een zeldzame variant van de erfelijke perifere neuropathieën en worden gekarakteriseerd door een progressief sensorisch verlies in de distale delen van het lichaam. We zullen een genotype-fenotype correlatie studie uitvoeren in een uitgebreid cohorte van HSN-patiënten. Dit leidt tot een verbeterde genetische raadgeving, geeft meer inzicht in het onderliggende ziektemechanisme en maakt het mogelijk mutaties te selecteren voor verder functioneel onderzoek. Het tweede doel van mijn project is de identificatie van nieuwe genen voor HSN. Hiervoor worden functionele en positionele kandidaatgenen gescreend. Annelies Rotthier Moleculair genetische analyse van genen voor erfelijke, axonale perifere neuropathieën. Abstract: In dit project willen we een bijdrage leveren tot de opheldering van het pathomechanisme van hereditaire sensorische neuropathieën (HSN). Hereditaire sensorische neuropathieën zijn een zeldzame variant van de erfelijke perifere neuropathieën en worden gekarakteriseerd door een progressief sensorisch verlies in de distale delen van het lichaam. We hebben een genotype-fenotype correlatie studie uitgevoerd in een uitgebreid cohorte van HSN-patiënten van de gekende genen voor HSN (SPTLC1, RAB7, HSN2, NTRK1, NGFB and CCT5). Dit leidt tot een verbeterde genetische raadgeving, geeft meer inzicht in het onderliggende ziektemechanisme en maakt het mogelijk mutaties te selecteren voor verder functioneel onderzoek. Het tweede doel van dit project is de identificatie van nieuwe genen voor HSN. Hiervoor worden functionele en positionele kandidaatgenen gescreend. Annelies Rotthier Moleculair genetische analyse van het chronisch vermoeidheidssyndroom. Abstract: Er zijn aanwijzingen dat de kwetsbaarheid voor het chronisch vermoeidheidssyndroom (CVS) deels genetisch bepaald is. Moleculair genetisch onderzoek kan bijdragen tot inzicht in de pathogenese van CVS en kan leiden tot de identificatie van biomerkers en therapeutische targets. De doelstelling van het genetisch luik van dit onderzoek bestaat erin de betrokkenheid van 3 functionele kandidaatgenen (TPH2, COMT en NR3C1) te onderzoeken in relatie tot CVS. VIB DMG - Toegepaste Moleculaire Genomica Ann Van Den Bogaert Moleculair genetische analyse van neurodegeneratieve hersenziektes. Abstract: Moleculair genetische analyse van neurodegeneratieve hersenziektes. Marc Cruts Moleculair genetische analyse van schizofrenie. Abstract: Moleculair genetische analyse van schizofrenie.

2 Centrum medische genetica Medische Genetica (MEDGEN) Markus Nöthen Moleculair genetische analyse van schizofrenie. Abstract: Het doel van dit project is de identificatie van schizofrenie genen in chromosomale regio's die via koppelingsanalyze werden gevonden. Om de betrokken chromosomale regio's te vernauwen zal een van de grootste verzamelingen van patienten ter wereld gebruikt worden om systematisch naar LD te zoeken. Dit zal finaal leiden tot de identdicatie van de causale genvariant(en). LD mapping in genetisch complexe ziekten is een statistisch probleem, dat high-throughput technieken vereist om SNP's te genotyperen in een groot aantal aangetaste individuen en controles. Omdat deze techniek de capaciteit van conventionele genotyperingsmethoden (b.v. RFLP analyse, SSCA analyse) snel te boven gaat op het vlak van werktijd, kosten en benodigde hoeveelheid DNA, zijn alternatieve methoden voor SNP genotypering zoals DNA pooling en PyrosequencingO nodig. Het werd aangetoond dat DNA pooling tot 100 individuen in een enkele PCR reactie reproduceerbare resultaten geeft (Barcellos et al, 1997). Uiteraard vermindert dit het benodigde aantal PCR reacties aanzienlijk (tot een factor 100). SNP genotypering van pools van PCR producten zal gedaan worden met een Pyrosequencing apparaat dat primer extensie reacties uitvoert en de allelische distributie van elke SNP via een lichtproducerende reactie detecteert. Moleculair Genetische Diensten Spin-off: Multiplex PCR algoritme in DNA profilering. Abstract: Het project omvat drie duidelijk omlijnde doelstellingen: het aanbieden van niet-standaard fee-for-service diensten (service); de technologische ontwikkeling van nieuwe producten en/of methoden (technologieontwikkeling); en moleculair genetisch onderzoek van complexe ziektes bij de mens in het algemeen en van psychiatrische ziekten in het bijzonder (complexe genetica). In service bieden we onze expertise en diensten aan voor genetische analyses, zoals sequentie gebaseerde SNP detectie en genotypering van STR merkers en SNPs, op basis van een fee-for-service. Voor het leveren van de genetische service maken we gebruik van het hoogtechnologische platform dat aanwezig is in de Genetische Service Faciliteit (GSF) van het VIB8 Departement Moleculaire Genetica (zie ook Project ID: 20983). Het luik technologieontwikkeling heeft als doel het ontwikkelen van eigen producten (bv. Software en diagnostische kits) en methoden aansluitend bij en voortvloeiend uit de aanwezige expertise in de onderzoeksgroep Toegepaste Moleculaire Genomica. Centraal hierin staat de proprietaire multiplex PCR technologie. In het onderzoeksluik van psychiatrische ziekten gebruiken we moleculair genetische methoden om susceptibilteitsgenen voor schizofrenie en affectieve stoornissen te identificeren via familie- en populatie gebaseerde genetische analyses. VIB DMG - Toegepaste Moleculaire Genomica Jurgen Del-Favero Dirk Goossens Moleculair genetische en functionele analyse van 'heatshock' proteïne 22 (HSP22) mutaties geassocieerd met distale hereditaire motorische neuropathie. Abstract: Moleculair genetische en functionele analyse van 'heatshock' proteïne 22 (HSP22) mutaties geassocieerd met distale hereditaire motorische neuropathie. Joy Ijeoma Irobi-Devolder Moleculair-genetisch en functioneel onderzoek naar de rol van Wnt-signaaltransductie in de ontstaansmechanismen van osteoporose en obesitas. Abstract: De algemene doelstellingen van het voorgestelde project zijn drieledig: - Verwerven van verdere inzichten in de rol van wnt-signaaltransductie in botvorming - Onderzoek naar de rol van wnt-signaaltransductie in adipogenese - Evalueren van het effect van canonieke en niet-canonieke wnt signaaltransductie op de differentiatie van mesenchymale stamcellen richting osteoblasten of adipocyten Medische genetica van obesitas en skeletaandoeningen (MGENOS) Wim Van Hul Moleculair genetisch en functioneel onderzoek van erfelijke perifere zenuwaandoeningen. Abstract: De erfelijke perifere neuropathieën zijn zowel klinisch als genetisch zeer heterogeen. Dit project heeft als doel de identificatie en karakterisatie van nieuwe genen en pathogene mutaties verantwoordeljk voor erfelijke perifere neuropathieën. Dit zal leiden tot een beter inzicht in de neurobiologische aspecten van het perifeer zenuwstelsel en biedt nieuwe mogelijkheden voor DNA diagnostiek en genotype/fenotype correlaties. Moleculaire genetica Eva E.P. Nelis Moleculair genetisch en functioneel onderzoek van genen betrokken bij erfelijke perifere zenuwziekten.

3 Abstract: Met dit FWO project beogen we naast het identificeren van genen en mutaties in erfelijke perifere zenuwziekten, ook de biologie van het perifeer zenuwstelsel te ontrafelen. Het identificeren van ziekteverwekkende mutaties in nieuwe genen is essentieel voor de ontwikkeling van DNA diagnostiek ter vervanging van ingrijpende diagnostische methoden. DNA diagnostiek is verder van belang voor erfelijkheidsadvies, prenatale and pre-implantatie diagnostiek. Genotype-fenotype correlaties in patiënten laten toe het biologisch effect van mutaties op het menselijk organisme te bestuderen. Diermodellen kunnen gebruikt worden voor het ontwikkelen van therapeutische benaderingen zoals farmacologische toepassingen (gebruik van zenuw-groeifactoren) en gentherapie in erfelijke en verworven perifere neuropathieën. Moleculaire genetica Eva E.P. Nelis Moleculair genetisch en functioneel onderzoek van Rho guanine nucleotide exchange factor 10 (ARHGEF10) : een nieuw gen voor erfelijke perifere neuropathie. Abstract: De algemene doelstelling van dit project is de moleculair genetische en functionele karakterisatie van ARHGEF10 (muis homoloog Gef1 0).We beogen dit te doen op de volgende manier: 1) Genotype/fenotype correlaties: Door mutatieanalyse van ARHGEF1 0 in families en geisoleerde patienten met een perifere neuropathie hopen we additionele mutaties te vinden. Zo kunnen we nagaan of ARHGEF1 0 gecorreleerd is met het specifieke fenotype van CMT -54 of dat ARHGEF10 betrokken is in een breder ziektespectrum. Bovendien kunnen nieuwe mutaties functioneel belangrijke domeinen aanduiden. 2) Additionele expressie studies van Gef10: Op dit moment zijn er slechts gegevens over de expressie van het Gef1 0 gen op embryonaal niveau. Daarom zullen er immunohistochemische en in situ hybridisatie experimenten worden uitgevoerd op adulte wild-type (WT) muizen. Deze kennis vormt dan een basis voor de histomorfologische en fenotypische analyse van de Gef10-/- muis. 3) Genereren van een 'gefloxte' Gef10 muis voor conditionele gen deletie: Om de in vivo functie van Gef10 verder te bestuderen, zullen we een LoxP-geflankeerd Gef10 muismodel creeren (Gef10f1/f1). Na kruising met een 'deleter' muis kan een totale knockout verkregen worden. Bovendien geeft deze Igefloxte' muis de mogelijkheid om de Gef10 functie te bestuderen in een weefselspecifieke, tijdsgelimiteerde of induceerbare manier, afhankelijk van het type Cre-muis dat wordt gebruikt. 4) Fenotypische karakteristie van totale Gef10 knockout muizen: Indien de Gef10-/- muizen levensvatbaar zijn, zal de fenotypische karakterisatie zich in eerste instantie richten op het perifere zenuwstelsel. Kristien Verhoeven Moleculair genetische onderzoek van Alzheimer dementie. Kristel Sleegers Moleculair genetische studies van de HPA-as als neurobiologische risicofactor voor stemmingsstoornissen. Abstract: Doelstellingen 1) Verzamelen van populaties van patienten met uitgebreide informatie over het klinische beeld en over de functie van de HP A-as 2) Opstellen van SNP kaarten van kandidaatgenen betrokken in de HP A axis functie 3) Statistisch genetisch onderzoek van de rol van deze kandidaatgenen bij het ontstaan van HP A as dysfunctie en majeure depressie in populaties van patienten en controles. Kind-, Jeugd- en Volwassenpsychiatrie (CAPRI) Stephan Claes Moleculair genetische studies van erfelijke epilepsieën. Abstract: Algemene doelstellingen: (1) Rekrutering en karakterisatie van additionele patiënten en families; (2) Locus en gen-dentificatiestudies; (3) Mutatieanalyses en studies van SCN1A in het kader van SMEI; (4) Mutatieanalysen van gekende genen.

4 VIB DMG - Neurogenetica Moleculair genetisch onderzoek naar Alzheimer Dementie. Kristel Sleegers Moleculair genetisch onderzoek naar de complexe genetica van frontaalkwabdementie. Abstract: Frontaalkwabdementie (frontotemporal lobar degeneration, FTLD) is een vorm van dementie waarbij progressieve karakterveranderingen en/of taalproblemen op de voorgrond staan. Bij tot 50% van de FTLD patiënten wordt een familiale voorgeschiedenis vermeld wat duidt op een belangrijke rol van genetische factoren in de ontwikkeling van de ziekte. Causale mutaties worden teruggevonden in de PGRN, MAPT, VCP en CHMP2B genen, welke nu 10 tot 20% van de FTLD patiënten verklaren. Binnen dit project beoog ik om nieuwe genetische oorzaken te identificeren die bijdragen aan het risico op het ontwikkelen van FTLD. Hiertoe zullen genoomwijde associatiestudies worden uitgevoerd, welke toelaten het volledige genoom in hoge densiteit en op een onbevooroordeelde wijze te evalueren op associatie tussen genetische varianten en de ziekte. Wanneer uitgebreide families met mendeliaanse overerving van de ziekte worden verzameld, zullen ook genetische koppelinganalyses worden uitgevoerd voor het identificeren van nieuwe causale genen voor FTLD. Bij de identificatie van nieuwe genetische oorzaken zal er worden onderzocht of ze gecorreleerd zijn aan klinische subtypes, specifieke afwijkingen bij neurologische beeldvorming, eiwitprofielen in plasma of serum en bevindingen bij neuropathologisch onderzoek. Om dit mogelijk te maken zal ik investeren in het uitbouwen van een uitgebreide onderzoekspopulatie van FTLD patiënten die klinisch, pathologisch en genetisch in detail werden gekarakteriseerd en van wie verschillende bronnen van biologisch materiaal werd verzameld - DNA, cellijnen, serum, plasma en hersenen. Tim Van Langenhove Moleculair genetisch onderzoek naar de complexe genetica van frontaalkwabdementie. Abstract: Frontaalkwabdementie (frontotemporal lobar degeneration, FTLD) is een vorm van dementie waarbij progressieve karakterveranderingen en/of taalproblemen op de voorgrond staan. Bij tot 50% van de FTLD patiënten wordt een familiale voorgeschiedenis vermeld wat duidt op een belangrijke rol van genetische factoren in de ontwikkeling van de ziekte. Causale mutaties worden teruggevonden in de PGRN, MAPT, VCP en CHMP2B genen, welke nu 10 tot 20% van de FTLD patiënten verklaren. Binnen dit project beoog ik om nieuwe genetische oorzaken te identificeren die bijdragen aan het risico op het ontwikkelen van FTLD. Hiertoe zullen genoomwijde associatiestudies worden uitgevoerd, welke toelaten het volledige genoom in hoge densiteit en op een onbevooroordeelde wijze te evalueren op associatie tussen genetische varianten en de ziekte. Wanneer uitgebreide families met mendeliaanse overerving van de ziekte worden verzameld, zullen ook genetische koppelinganalyses worden uitgevoerd voor het identificeren van nieuwe causale genen voor FTLD. Bij de identificatie van nieuwe genetische oorzaken zal er worden onderzocht of ze gecorreleerd zijn aan klinische subtypes, specifieke afwijkingen bij neurologische beeldvorming, eiwitprofielen in plasma of serum en bevindingen bij neuropathologisch onderzoek. Om dit mogelijk te maken zal ik investeren in het uitbouwen van een uitgebreide onderzoekspopulatie van FTLD patiënten die klinisch, pathologisch en genetisch in detail werden gekarakteriseerd en van wie verschillende bronnen van biologisch materiaal werd verzameld - DNA, cellijnen, serum, plasma en hersenen. Tim Van Langenhove Moleculair genetisch onderzoek van Alzheimer Dementie.

5