Patient tailored medicine: moleculaire biologie onontbeerlijk Moleculaire Pathologie in een veranderende wereld

Transcriptie

1 Patient tailored medicine: moleculaire biologie onontbeerlijk Moleculaire Pathologie in een veranderende wereld Dr. Judith Jeuken Klinisch moleculair bioloog in de pathologie (KMBP)

2 Moleculaire Diagnostiek in de pathologie FISH PCR glaasjes epjes

3 Moleculaire Diagnostiek in de pathologie FISH PCR

4 Patient tailored Medicine: PCR NGS HPV STR analyse MMB Toepassingsgebied Target Test Adenocarcinoom Long EGFR KRAS NGS BRAF ERBB2 Klinische relevantie Therapeutisch Colorectaal carcinoom KRAS NRAS BRAF NGS Therapeutisch Gemetastaseerd melanoom Clonaliteit carcinomen TP53 (hele panel) NGS BRAF NRAS NGS Therapeutisch Therapeutisch / Prognostisch Cervix + Genitaal wratten HR - HPV LR-HPV Papillocheck / APTIMA Prognostisch / Diagnostisch Weefselidentificatie short tandem repeats STR analyse Kwaliteitsborging Microbiologsiche analyse diverse, HSV, VZV, TB Q-PCR Therapeutisch / Diagnostisch

5 Patient tailored Medicine: PCR NGS HPV STR analyse MMB Toepassingsgebied Target Test Adenocarcinoom Long EGFR KRAS NGS BRAF ERBB2 Klinische relevantie Therapeutisch aantal Colorectaal carcinoom KRAS NRAS BRAF NGS Therapeutisch Gemetastaseerd melanoom Clonaliteit carcinomen TP53 (hele panel) NGS BRAF NRAS NGS Therapeutisch Therapeutisch / Prognostisch Cervix + Genitaal wratten HR - HPV LR-HPV Papillocheck / APTIMA Prognostisch / Diagnostisch 2500 Weefselidentificatie short tandem repeats STR analyse Kwaliteitsborging Microbiologsiche analyse diverse, HSV, VZV, TB Q-PCR Therapeutisch / Diagnostisch 25

6 PCR in een veranderende wereld 1 MUTATIE ANALYSE: Sanger sequencing één gemiddelde sequentie Elk fragment in duplo Handmatige analyse 30% Tumor longca colonca verschillend EGFR 5 fragmenten KRAS 3 fragmenten bv. LongCA BRAF 1 fragment 10 fragmenten NRAS 3 fragmenten in duplo (20 seq.) ERBB2 1 fragment

7 PCR in een veranderende wereld 1 MUTATIE ANALYSE: Next Generation Sequencing (NGS) één NGS test 22 genen en 92 fragmenten alle tumoren dezelfde test analyse genen van interesse gevoeligheid (10% TC) halvering doorlooptijd

8 PCR in een veranderende wereld 1 Next Generation Sequencing (NGS) Heel veel losse sequenties per fragment Heel veel fragmenten (92x) > reads

9 Data analyse NGS: SeqNext

10 Data analyse NGS: SeqNext

11 PCR in een veranderende wereld 1 Next Generation Sequencing (NGS) Juni 2014 starten NGS diagnostiek op het gezamenlijke PCR lab in Veldhoven

12 PCR in een veranderende wereld 2 Next Generation Sequencing (NGS) Juni 2014 starten NGS diagnostiek op het gezamenlijke PCR lab in Veldhoven

13 Stichting PAMM PAthology Medical Microbiology PCR pathologie Eindhoven PCR microbiologie Veldhoven

14 PCR in een veranderende wereld 2 één gezamenlijk PCR-lab PAMM (besluit eind 2013) Efficientieslag: PCR-analisten Continuiteit Apparatuur Ruimtes (PCR1, PCR2, PCR3) Pre-PCR: schoon X Post-PCR: vies

15 één gezamenlijk PCR-lab PAMM Locatie Veldhoven (praktische keuze) Werkplek PA-diagnostiek (OncoSeq) PCR-activiteiten Data analyse & Validatie data Besluit eind 2013; diagnostiek gestart juni 2014 Stapje voor stapje. Nog steeds bezig met verder uitbouwen Veel uitdagingen.

16 Uitdaging 1: één PCR-lab PA & MM Lijkt eenvoudig.. Vergt enorme investering Alle PA testen opnieuw valideren op MM Overstappen naar eenvoudigere test opzet Opzetten NGS direct in Veldhoven

17 Uitdaging 2: één PCR-lab PA & MM PA en MM andere tak van sport MM PCR-analisten gaan PA diagnostiek doen nieuwe technieken (PA veel meer handwerk ) Tumorcel percentage? Tumorgenetica? EGFR? KRAS? BRAF?.. colontumor vs longtumor data-analyse Veel bijscholing en langere inwerkperiodes nodig Stapje voor stapje..

18 Uitdaging 3: één PCR-lab PA & MM Verbouwing PCR3 opsplitsen X PCR 3 post PCR

19 Uitdaging 3: één PCR-lab PA & MM Verbouwing PCR3 opsplitsen A PCR 3A gesloten systemen vnl MM B PCR 3B open systemen vnl PA

20 Uitdaging 4: één PCR-lab PA & MM Efficiente verdeling PCR-analisten Goede continuiteit (6 PCR-analisten)?? Start juni 2014? november 2017 We zijn een heel eind op de goede weg maar nog steeds onderweg..

21 Organisatie PA-PCR diagnostiek EINDHOVEN patholoog vraagt PCR aan + selectie coupe aanvraag in behandeling nemen (immuno-mb) coupes snijden & afkrassen DNA isolatie inzetten Werklijsten worden aangemaakt Ma+Do DNA met 1 e bode naar Veldhoven

22 Organisatie PA-PCR diagnostiek VELDHOVEN DNA ophalen uit pathologenbox PCR testen inzetten & afwerken 1 e data analyse (6 PCR analisten; 5xMM 1xPA) validatie door senior analist (4 senior analisten; 2xPA 2xMM) uitslagen KMBP, maken PA-verslag patholoog Ma-Di en Do-Vr wordt alle PA gerund Doorlooptijd 3-5 werkdagen

23 HPV DETECTIE Papillocheck PCR in een veranderende wereld 3 LR-HPV HR-HPV Geschikt FFPE HPV typering Chip voor 11 DNAtjes

24 PCR in een veranderende wereld 3 HPV DETECTIE 2017 BVO valt weg Extra HPV voor gynaecologen aanpassing richtlijn cervix Toename 3x zoveel HPV Aptima HR-HPV cytologie Papillocheck FFPE & typering HPV In planning samen met een MM-test

25 Moleculaire Diagnostiek in de pathologie Toename te analyseren fragmenten Mutatie analyse: NGS Een gezamenlijk PCR lab PAMM OncoSeq (PA) werkplek PCR 6 PCR analisten (5 MM, 1 PA) PCR activiteiten Data analyse 3-5 dagen doorlooptijd HPV: Papillocheck & Aptima

26 Dank voor jullie aandacht!

27 Moleculaire Diagnostiek in de pathologie FISH PCR Eindhoven

28 Patient tailored Medicine: FISH Translocatie Copynumber Toepassingsgebied Target/test Afwijking Klinische relevantie Lymfoom BCL2 / cmyc / BCL6 Translocatie Diagnostisch Adenocarcinoom Long ALK / ROS1 / RET Translocatie MET Copynumber Therapeutisch Mammacarcinoom HER2 Copynumber Therapeutisch Prognostisch Liposarcoom MDM2 Copynumber Diagnostisch Mola zwangerschap Ploidy analyse Copynumber Diagnostisch IUVD Trisomie 13, 18, 21 Copynumber Diagnostisch IUVD Geslachtsbepaling Copynumber Diagnostisch

29 Patient tailored Medicine: FISH FISH 2017 : 1535 (2012 : 750) Aantallen nemen elk jaar toe Longen: ALK ALK + ROS1 ALK + ROS1 + RET + MET Lymfomen: BCL2 of cmyc BCL2 of cmyc of BCL2+BCL6+cMYC Toepassingsgebied Target/test Afwijking Klinische relevantie Lymfoom BCL2 / cmyc / BCL6 Translocatie Diagnostisch 205 Adenocarcinoom Long ALK / ROS1 / RET MET Translocatie Copynumber Mammacarcinoom HER2 Copynumber Therapeutisch 375 Therapeutisch Prognostisch Liposarcoom MDM2 Copynumber Diagnostisch 45 Mola zwangerschap Ploidy analyse Copynumber Diagnostisch 30 IUVD Trisomie 13, 18, 21 Copynumber Diagnostisch 25 IUVD Geslachtsbepaling Copynumber Diagnostisch

30 Fluorescente In situ Hybridization FISH FISH: ARBEIDSINTENSIEF! patholoog vraagt FISH aan + selectie coupe in behandeling nemen aanvraag coupes snijden FISH inzetten & afwerken HE bekijken (selectie) FISH coupe bekijken opnames maken data analyseren validatie FISH analyse (2 e analist) maken PA-verslag KMBP -> patholoog 2017: 1535xFISH

31 FISH in een veranderende wereld 1 Geautomatiseerde FISH op de BOND immunostainers Dagelijks -> korte doorlooptijd Geautomatiseerd (XL BOND probes): 83% (1285x) Manueel: 17% (250x) Cytologie samples andere probes Manuele FISH maximaal 2x per week

32 FISH in een veranderende wereld 2 Geautomatiseerd digitaliseren Opnames door analist Opnames via scanner

33 FISH in een veranderende wereld 3 Geautomatiseerde analyse Cytovision 1 e analyse analist 2 e analist doet validatie Uitslag KMBP -> patholoog 1e analyse door cytovision 2 e analyse door 1 e analist Uitslag KMBP -> patholoog

34 Moleculaire Diagnostiek in de pathologie FISH Toename FISH aantallen Inzetten en afwerken geautomatiseerd op de immuunostainers Digitaliseren FISH resultaten automatiseren Analyse digitale beelden automatiseren

35 Dank voor jullie aandacht!